一、企業會計電算化給涉外稅務審計帶來的問題
1.在審計線索方面。在會計電算化中，計算機的使用改變了會計記錄的存儲與處理方式，給收集審計信息和查找審計線索帶來了困難。首先，在案頭審計階段，稅務機關如何收集企業財務系統中的信息是一個關鍵問題。從目前情況看，存在兩大障礙，一是企業採用的資料庫不同；二是跨國集團公司全球使用統一的財務系統，多為英文記賬。其次，在現場審計階段，由於原始憑證或記賬憑證一經輸入計算機，賬簿登錄及匯總報表都通過程式自動完成，因而使審計人員難以像在手工操作環境下那樣對經濟業務進行直觀的對比追蹤審查。
2.在審計內容方面。電算化會計信息系統的特點及其固有的風險決定了審計的內容包括對計算機處理和控制功能的審查，具體應當包括系統的開發與設計，會計軟體的程式，數據檔案以及內部控制的審計等。同時，以下情形的出現也會對稅務審計的內容產生影響：一是無紙化交易的會計確認和內部控制，以及無紙化數據的安全性給審計人員帶來重大挑戰；二是系統集成，使會計數據與管理數據聯繫起來，導致審計範圍擴大了；三是現代信息處理技術和信息網路技術為企業管理提供了快速信息聯繫，企業外部信息的引入，使審計對象也發生了變化。
3.在審計技術方面。由於審計的內容擴大到電算化系統程式、系統的設計與開發、數據檔案與內部控制方面，傳統手工審計已不能適應現行企業的實際情況，迫使審計人員採用相應的計算機技術。比如：利用計算機進行大量、複雜的分析性覆核工作；藉助計算機完成統計抽樣工作；對會計電算化系統的程式、內部控制制度、數據檔案及計算機系統的可靠性進行測試等等。
4.在審計人員方面。企業現代管理技術的運用，給稅務審計人員的素質提出了更高的要求，稅務審計人員要有現代科技的觀念，否則是不可能完成有效的稅務審計工作。審計人員不僅要有豐富的財會、審計知識和技能，熟悉稅收政策，還應掌握計算機知識及其套用技術，掌握數據處理和管理技術，以及提高英語水平等。
二、電算化會計系統實施後的稅務審計對策
1.加快開發涉外稅務審計軟體。《涉外稅務審計規程》引入了全新的審計技術，要求採集企業大量的財務數據進行各種比較分析，通過對31戶大型企業電算化會計系統的調查及其對稅務審計的影響與對策分析，大家一致認為，對電算化企業進行稅務審計，僅靠手工操作幾乎是難以進行和完成的。因此，依靠計算機輔助審計已勢在必行，涉外稅務審計軟體的研製和開發已刻不容緩。
2.健全會計電算化系統有關稅務審計的法律規定。目前《中華人民共和國稅收徵收管理法實施細則》只規定採用計算機記賬的納稅人，扣繳義務人將其記賬軟體、程式和使用說明書及有關資料抄送稅務機關備案，而對會計軟體系統在稅收管理上未作具體要求。建議在征管法中增加有關實施電算化審計的條例。明確規定審計人員和納稅人的法律權利和義務，對電子數據的合法性和採用的磁介質審計證據作出明確規定，以利於電算化審計的順利進行。
3.加強對稅務審計人員素質的培訓，培養一批跨學科的稅務審計人員。涉外企業的電算化會計系統有相當一部分採用的是國際上通用的財務軟體，且大多為英文體系。這就要求審計人員不僅要有傳統審計人員應具備的會計、稅收、法律等知識，還應有計算機，英語等方面的知識，而目前稅務審計人員在英語、電腦操作等方面都精通的人員不多，整體素質有待提高。所以，要加大英語、電腦知識的培訓力度，配合稅務審計軟體的開發試行，全面提高審計工作水平。
4.改進裝備條件。目前，企業普遍具有配備齊全、性能高的計算機設備，且能及時更新換代。稅務部門尤其是基層稅務部門，硬體環境差強人意。建議加大計算機設備投入（如攜帶型電腦，外出審計的必需品），改善原有裝備，以保證審計工作的開展。