任期經濟責任審計的目的是通過審計對法定代表人任期內企業經濟活動及經營成果的真實性、合法性和效益性作出客觀公正的評價。審計評價是任期經濟責任審計的重要組成部份與核心內容，如何正確把握審計評價方法是提高任期經濟責任審計工作質量和效果的關鍵。針對當前任期經濟審計評價涉及的難點問題，提出一些個人看法：
一、正確把握自然人與企業法人的關係
中共中央辦公廳、國務院辦公廳頒發的中辦發[1999]20號《國有企業和國有控股企業領導人員任期經濟責任審計暫行規定》指出：實施企業領導人員任期經濟責任審計，應當通過對其所在企業資產、負債、損益的真實、合法和效益情況審計，分清企業領導人員本人應負有的主管責任和直接責任。企業審計的主要內容是：企業資產、負債、損益的真實性；國有資產的安全、完整和保值增值；企業對外投資和資產的處置情況；企業收益的分配；與上述經濟活動有關的內部控制制度及其執行情況；其他需要審計的事項。這充分說明審計評價的對象，首先是法定代表人所在單位的財務收支和經營活動，然後據此來確定法定代表人在任期內企業經濟行為中應負的經濟責任。對離任者的評價是對企業經濟效益、內部管理、財務狀況等方面業績和責任的綜合分析評價，至於經濟責任，一般應負有主管責任，而因為領導者個人行為在任職期間作出重大決策導致企業興衰成敗的結果應負有直接責任。其評價關係是以評價企業經濟活動及經營成果為基礎，遵循重要性、謹慎性、客觀性和公正性的原則，對企業法定代表人作出恰如其分的評價。離開企業經營情況及經營成果的評價，則法定代表人的責任評價就無從談起。只有對企業法人全面評價之後，才能對自然人進行責任評價。
二、正確把握主觀與客觀的關係
任期經濟責任審計是一項政策性強、涉及面廣、工作量大的審計項目，且審計難度和審計風險很大，尤其是在計畫經濟向市場經濟轉變過程中，企業的經營活動帶有鮮明的時代特徵，對任期經濟責任審計的評價更是如此。如企業重大事項的決策問題，個人的決策能力起著至關重要的作用，法定代表人的決策正確與否，都會給企業經營活動和經濟效益帶來不同的結果。但是不排除主管部門的行政干預因素，特別是國有企業法定代表人都是由主管部門聘任的，下級服從上級應在常理之中，在如此環境影響下的經營決策失誤就難以避免，這就給審計評價帶來難度，審計人員如何從實際出發，分析主客觀原因，才能作出實事求是的評價，是必須面對的重大課題。還有一個值得研究的是企業之間的經濟基儲管理水平、經營狀況等方面差異很大，而主管部門在企業法定代表人的選擇上，一般從全局統盤考慮，尤其是一些困難企業領導人員的人選，有時往往從經濟效益好、企業管理好的企業中選拔調入，由於企業歷史積累的矛盾太多，經濟包袱很重，不是以個人意志可以解決的，儘管主觀上付出很大努力，但虧損面貌難以改觀，這就更需要審計人員進行客觀的、歷史的綜合分析，才能給離任者個人作出合理、公正的評價。此外，市埸因素、國家巨觀政策出台的影響，都會給企業帶來經營業績的不同結果，審計人員在審計評價時也必須予以考慮。
三、正確把握前任與後任的關係
根據中央兩辦任期經濟責任審計暫行規定精神，企業法定代表人離任，應當按國家現行規定進行審計。在具體審計事項中，有些法定代表人在任職初期，企業財務狀況未經審計確認，也未辦理一定的移接交手續，勢必給任期經濟責任審計期末期初對比評價帶來困難，為此，就有必要對法定代表人接任時的企業財務狀況進行審計，重點是資產、負債、所有者權益的真實性進行重新確認，做到合理區分，劃清界限；二是由於企業生產經營具有連續性的特點，原本屬於正常的生產經營狀況，隨著時間的推移，後來成為任期內的問題，如工業企業，任期前生產的產品發生滯銷而造成的損失；因工藝改進，造成機器設備的淘汰和原輔材料、包裝物的損失；如流通企業，由於產品更新換代，造成任期前老庫存商品的變價處理損失；再如任期前發生的企業應收帳款，由於對方單位的停業、破產或改制等原因，造成債權難以收回而壞帳損失等等。諸如此類問題都要求審計人員在審計過程中認真調查研究，摸清情況，正確判斷，針對具體問題進行具體分析，劃清前任與後任的經濟責任界限，為正確、合理、全面、公正評價創造條件。