醌類是指分子中具有不飽和環二酮結構的一類化合物，在許多中藥中都含有醌類。中藥中所含的醌類化合物按其結構可分為苯醌、萘醌、菲醌、蒽醌4種類型。
·苯醌
苯醌主要包括對苯醌和鄰苯醌兩類。其中鄰苯醌不穩定，故存在於中藥中的苯醌多數為對苯醌的衍生物，天然存在的對苯醌的生物多為黃色結晶，如黃精中的黃精醌。。
·萘醌
天然存在的萘醌化合物多數是1.4－二萘醌的衍生物，為橙色或橙紅色結晶，少數呈紫色。如胡桃葉中的胡桃醌，又如紫草中的紫草素。
·菲醌
天然的菲醌衍生物包括鄰菲醌及對菲醌兩種。。
如中藥丹參中所含有的丹參醌類成分，具有增加冠脈流量的作用。
·檢識反應
醌類的檢識反應與其分子結構及官能團有關。
1. 顯色反應
醌類的顯色反應，常見於以下幾種：
①karius反應：
醌類化合物（蒽醌除外）的乙醚液，加入乙二胺，可呈現各種不同的顏色。
②feigl反應：
所有醌類化合物在鹼性條件下，與甲醛和鄰二硝基苯加熱反應，發生氧化還原反應而呈紫色。該反應的機理是：醌類在鹼性條件下與甲醛作用還原生成對二苯酚，對二苯酚與二硝基苯作用生成紫色的物質，[反應式]
③與活性亞甲基試劑的反應：
無羥基的苯醌和萘醌類化合物在鹼性條件下，能與一些含有活性亞甲基的化合物，如丙二酸二乙酯，乙醯乙酸乙酯等先發生加成反應，然後再被氧化生成藍色或藍紫色。該顏色不穩定，逐漸變成紫色，紫紅色或綠色，最後成為暗紅黃色。[反應式]
分子中有羥基，則以上反應速度減慢或不反應。
提取與分離
常見的醌類化合物質抽取分離方法:
· 水蒸氣蒸餾法
適用於小分子的游離醌類化合物的提取，由於其具有揮發性，可隨水蒸氣餾出，故可用此法提取，如白雪花中藍雪醌的提取，流程圖如下：
白雪花粗粉
│加水浸泡
│水蒸氣蒸餾
↓
餾出液
│放置
↓
結晶
│抽濾
↓
結晶
│甲醇重結晶
↓
藍雪醌（mp：75～76℃）
· 鹼提酸沉法
適用於具有酚羥基的醌類化合物，由於其可溶於鹼液，加酸後又沉澱析出，故可用此法提取，例如後述的大黃中幾種游離蒽醌的提取分離。
· 有機溶劑提取法
游離的醌類可溶於苯、乙醚等溶劑，故中藥用這類溶劑提取後，當濃縮提取液至少量時，醌類化合物即可析出結晶。
由以上方法得到的結晶往往是一種混和物，故常用色譜法再經進一步分離才能得到純品。