企業內部審計的原則是由企業內部審計本身的性質和特點所決定的。企業內部審計人在實踐中自覺遵循企業內部審計原則，就能夠充分發揮企業內部審計的職能，實現其協助董事會及其審計委員會、最高層管理當局分別促進和幫助最高層管理當局和有關亞管理層管理當局有效履行受託管理責任的目的。否則，就會影響企業內部審計工作的正常進行，妨礙其職能的發揮，達不到審計目的甚至對企業的發展產生不利影響。當然，企業內部審計原則不是一成不變的。隨著審計實踐的發展和變化，企業內部審計的原則也要不斷發展變化。
企業內部審計的原則可以從實踐中歸納得出，並且主要靠歸納得出。正如利特爾頓所說：“由眾多不同的人所創始的方法被另外許多人加以套用和檢驗。若干年以後，通過檢驗套用而達成了一致的認識，最適用的程式由此成為公認的慣例”。慣例輔之以適當的理由即可形成規則，再將這些規則用概括的語言表述出來，就成了原則。總結國內外大量企業內部審計的實踐，可以得出以下企業內部審計的主要原則：
獨立性原則來源：
獨立性原則是指企業內部審計人應在組織上、精神上和業務上保持相對獨立，應排除干擾，獨立履行審計職責。也就是說，企業內部審計人應當獨立於其他職能部門之外；即使由企業內外部有關人員構成的臨時審計組，也應當獨立於其他職能部門。在履行審計職責的過程中，他們應始終努力保持精神上的超然獨立，努力站在客觀公正的立場上去開展活動。因此，當某位審計人員與被審計人、被審計事項有利害關係時，應當予以迴避；應排除其他部門和個人的干涉，獨立行使董事會及其審計委員會和最高層管理當局賦予的職權。如按規定程式批准或在職權範圍內自定的審計計畫或審計項目的執行，相應的審計範圍、審計方法的確定，審計取證、審計評價的過程與結果，審計建議的提出，以及這些審計信息向誰提供，均應排除其他職能部門和個人有時甚至是最高層管理當局的干涉，由企業內部審計人獨立決定。必要時可報請最高層管理當局或董事會的審計委員會幫助排除干擾。只有這樣，才能有力地協助董事會及其審計委員會促進和幫助最高層管理當局、協助最高層管理當侷促進和幫助有關亞管理層管理當局有效履行其受託管理責任。當主客觀因素使內部審計的獨立性受到損害時，內部審計主管應向董事會或其審計委員會、最高層管理當局報告獨立性受損害的情況，說明所開展的審計活動是非保證性的審計活動，不能得出準確的結論。如果是開展諮詢業務，則應在工作開始前，向客戶說明獨立性受到損害的情況。