雖然西瓜是很好的減肥食品，但吃西瓜也有禁忌。不能一次吃得過多。
西瓜是生冷之物，一次吃多了易傷脾胃。脾胃虛寒、消化不良、大便溏泄者尤應少吃，否則會導致腹脹腹瀉、食慾下降、積寒助濕。西瓜所含的大量水分還會沖淡胃液，引起消化不良和胃腸道抵抗力下降。
不能吃過涼的西瓜吃冷藏時間較長的西瓜更容易傷脾胃。因為突然遇到過涼的食物，胃平滑肌和黏膜的血管會出現收縮，甚至痙攣，引起胃痛或加重胃病。另外，還可能引起咽喉炎或加重咽部炎症。
感冒初期不能吃西瓜中醫認為，無論是風寒感冒還是風熱感冒，在感冒初期吃西瓜，相當於服用清內熱的藥物。這樣會引邪入內，使感冒加重或延長病程。但是當感冒加重，出現高熱、口渴、咽痛、尿黃赤等內熱症，在正常用藥的同時，適當吃些西瓜有助於病人痊癒。
不能吃打開時間過久的西瓜夏季氣溫高，適宜細菌繁殖，如果吃打開時間過久、已被病菌污染的西瓜，就會導致胃腸道傳染病。