錳作為人體必需微量元素以離子形式存在於體內，總含量僅有12～20毫克。主要分布在肌肉、肝臟、腎臟和大腦內，人體所攝取的錳在腸道內被吸收，但吸收率僅有3%。錳在體內經過營養代謝後，絕大部分經由腸道排泄。
錳是人體內多種酶的成分，與人體健康的關係十分密切，因此有人將錳稱作“益壽元素”。近年來的研究表明，體內的超氧化物歧化酶（SOD）具有抗衰老作用，而此酶內就含有錳。造成人體內錳缺乏的主要原因是從膳食中攝入的錳不足；食物中的鈣、磷、鐵及植酸過多而干擾錳的吸收。
人類錳缺乏可危害健康，但無典型而獨立的症狀，表現出有以下幾種臨床病症。
骨質疏鬆症的發生與血液內缺錳有關。人體的骨骼中有“成骨細胞”和“破骨細胞”，二者相輔相成共同維持骨骼的正常代謝。當體內長期錳缺乏時，破骨細胞的“破骨”作用增強而成骨細胞的活性受到抑制，骨孔增大，於是骨組織的強度和硬度均下降、韌性減退，變得疏鬆薄脆，受外力易發生骨折。
骨骼畸形，軟骨受損是缺錳的又一表現。酸性黏多糖是構成軟骨與骨組織的重要成分；硫酸軟骨素也是構成骨骼與軟骨、肌腱、皮膚和眼角膜的重要成分。酸性黏多糖和硫酸軟骨素在體內的合成過程需要含錳的酶參與。當體內錳缺乏時，含錳酶的活性下降，這兩種物質合成減少，於是發生骨骼畸形、軟骨受損。尤其是中老年人易出現疲勞乏力、腰酸背痛、牙齒早脫、骨骼畸形且易斷裂、角膜雲翳等。兒童則是生長發育遲滯。
缺錳還易加速衰老。人體甲狀腺分泌出的甲狀腺素是一種統籌調節全身生命物質代謝的激素，然而這需要在錳的參與下才能發揮其正常功效。此外，人體細胞的正常分裂增殖以及體內蛋白質的合成過程，也都需要有錳的參與才能實現。缺錳時便可出現上述生理功能的退行性改變，皮膚角化過度，加速老年人的衰老進程。同時，體內的超氧化物歧化酶具有抑制和消除體內有害的“氧自由基”、防止脂質過氧化的功效，從而起到抗氧化、抗疲勞、抑制癌症、尤其是抗衰老作用。然而此酶必需在錳的催化下才有上述作用。由此可見，體內缺錳可加速衰老，適宜量的錳常被譽為益壽元素。
體內嚴重缺錳可導致不孕症，甚至出現死胎、畸胎和孕婦死亡。缺錳可使男性雄性激素分泌減少、性功能低下、睪丸萎縮、精子減少等。
此外，有人研究認為中醫學上常講的“腎虛”，實質上是指內分泌系統功能低下的表現，這與微量元素錳和鋅缺乏緊密相關。補骨脂、肉蓯蓉、枸杞子、何首烏、熟地等補腎中藥中錳和鋅的含量都較高。
錳雖然不是維生素的成分，但與維生素A、B、C的代謝有密切關係，並刺激抗毒素的形成。由此可見，缺錳時可影響維生素的合成及發揮其作用，從而降低機體抗病能力。
腦正常功能的發揮需要錳，缺錳可使人智力減退、兒童多動，甚至使人患驚厥、誘發癲癇（羊角風）和精神分裂症等精神病。