同年八月，曹操與呂布戰於濮陽，作戰不利。時蝗災起，二人各自而歸。十月，曹操至東阿，袁紹派人慾與曹操聯合，將曹操遷居至鄴，想伺機吞併曹操。曹操新失兗州，而且軍糧將盡，有意答應。這時程昱趕到，便問：“竊聞將軍欲遣家，與袁紹連和，誠有之乎？”曹操曰是，程昱說：“意者將軍殆臨事而懼，不然何慮之不深也？夫袁紹據燕、趙之地，有並天下之心，而智不能濟也。將軍自度能為之下乎？將軍以龍虎之威，可為韓、彭之事邪？今兗州雖殘，尚有三城。能戰之士，不下萬人。以將軍之神武，與文若、昱等，收而用之，霸王之業可成也。願將軍更慮之”(《三國志·魏書·程昱傳》)!曹操於是放棄此念。
建安元年(196年)，隨曹操擊敗黃巾軍。七月，漢獻帝劉協在楊奉、董承等護衛下，從長安(今陝西西安西北)返回洛陽(今河南洛陽東北)。在要不要奉迎天子建都許昌的問題上，曹軍內部發生了爭執。多數人不同意迎接獻帝，理由是“山東未平，韓逼、楊奉新將天子到洛陽，北連張楊，未可卒制”(《三國志·魏書·荀彧傳》)。唯荀彧、程昱堅持同意。荀彧還以古事為例勸說曹操，曹操終於奉迎獻帝遷都許昌(今河南許昌東)。曹操被封為大將軍、武平侯，程昱也封為尚書。從此造成曹操奉天子以令諸侯的戰略優勢，並為其此後統一戰爭的順利實施，奠定了基礎。
因兗州尚未安撫，曹操又以程昱為東中郎將，領濟陰太守，都兗州事。
同年，劉備為呂布所敗，失徐州，來歸曹操。程昱對曹操說：“觀劉備有雄才而甚得觿心，終不為人下，不如早圖之。”曹操說：“方今收英雄時也，殺一人而失天下之心，不可”(《三國志·魏書·武帝紀》)。未聽其言，並給劉備增兵增糧，派其至小沛，收集散兵以對付呂布。
曹操奉迎漢獻帝遷都許昌(今河南許昌東)後，獨掌軍政大權，總攬朝政，皇帝成為傀儡。建安四年(199年)，車騎將軍董承接受皇帝衣帶詔，與劉備及長水校尉種輯、將軍吳子蘭、王服等，密謀除掉曹操。劉備恐曹操猜忌，欲伺機脫離曹操控制，趁右將軍袁術潰敗，主動請求跟大將朱靈前去截擊。程昱與郭嘉說：“公前日不圖備，昱等誠不及也。今借之以兵，必有異心”(《三國志·魏書·程昱傳》)。曹操後悔，立即派人去追，已然不及。後袁術南逃壽春(今安徽壽縣)，病死，朱靈班師回朝。十二月，劉備乘曹操部署對袁紹作戰之時，襲斬徐州(治下邳，今江蘇睢寧西北)刺史車胄，又擊敗曹操派去討伐的司馬長史劉岱軍，據有徐州、下邳(今江蘇睢寧西北)等地，背叛曹操，回響袁紹。
不久，程昱升為振威將軍。
建安五年(200年)，袁紹在黎陽，將率軍南渡與曹操決戰。時程昱只有700士兵守鄄城，曹操聞後，派人告訴程昱，想給他增兵2000。程昱不肯，說：“袁紹擁十萬眾，自以所向無前。今見昱兵少，必輕易，不來攻。若益昱兵，過則不可不攻，攻之必克，徒兩損其勢。願公無疑”(《三國志·魏書·程昱傳》)!曹操從之。後袁紹聞鄄城兵少，果然未去攻打。曹操對程昱膽略、智慧大為讚賞，對賈詡說：“程昱之膽，過於賁、育”(《三國志·魏書·程昱傳》)。
袁紹死後，程昱又收集亡命之徒數千與曹操會於黎陽，破袁譚、袁尚，被封為奮武將軍，封安國亭侯。
建安十三年(208年)，曹操南征荊州，劉備逃奔孫權。當時曹軍都認為孫權會殺劉備，唯程昱認為：“孫權新在位，未為海內所憚。曹公無敵於天下，初舉荊州，威震江表，權雖有謀，不能獨當也。劉備有英名，關羽、張飛皆萬人敵也，權必資之以御我。難解勢分，備資以成，又不可得而殺也”(《三國志·魏書·程昱傳》)。孫權果然與劉備合兵，在赤壁之戰中擊敗曹操。