更始年間，先零羌封河等部曾殺死金城太守，占有其郡，因而隗囂派來使者，賄賂封何，與之結盟，想調發封何兵眾，以拒漢兵。竇融等乘部隊便利，擊破封何，斬首千餘級，得牛馬羊萬頭，谷數萬斛，因並河揚威武，等待光武帝親征。
光武帝見竇融恪守信用，大加賞賜。命右扶風官長修理竇融父親的墳塋，用太守之禮祭祀，並幾次派人，賞賜竇融四海珍奇之物。
這年秋天，隗囂侵擾安定郡，光武帝準備親自率兵西征，先通知竇融，令他作好接應的準備。竇融得到命令，立即出兵到姑藏。但不巧，天降大雨，道路斷絕，而且隗囂也已退兵，因而漢軍未發。竇融回駐原地。
竇融擔心此後漢朝不再出兵，上書給光武帝，說明利害：“隗囂聞車駕當西，臣 融東下，士觿騷動，計且不戰。囂將高峻之屬皆欲逢迎大軍，後聞兵罷，峻等復疑。囂 揚言東方有變，西州豪桀遂復附從。囂又引公孫述將，令守突門。臣融孤弱，介在 其閒，雖承威靈，宜速救助。國家當其前，臣融促其後，緩急迭用，首尾相資，囂 埶排迮，不得進退，此必破也。若兵不早進，久生持疑，則外長寇讎，內示困弱， 復令讒邪得有因緣，臣竊憂之。惟陛下哀憐”(《後漢書·竇融列傳》)！光武帝深以為然。
建武八年(32年)夏，光武帝親自西征，竇融聞訊，率步騎數萬、輜重車五千多輛策應，在高平第一城會師。在拜見光武帝之前，竇融先派手下人去請教會見禮儀。當時，戎馬倥傯，兵戰連年，諸將三公交錯於路，因而禮儀疏簡。光武帝得知竇融先問禮儀，十分高興，於是宣告百僚，置酒高會，用特別優厚的禮節接待竇融等人。任命竇融的弟弟竇友為奉車都尉，堂弟竇士為太中大夫。接著，光武帝與竇融一起進軍，隗囂大敗，城邑都歸降了漢朝。光武帝為回報竇融所建的大功，封他為安豐侯，封竇友為顯親侯。武鋒將軍竺曾為助義侯，武威太守梁統為成義侯，張掖太守史苞為曪義侯，金城太守厙鈞為輔義侯，酒泉太守辛肜為扶義侯。封爵完畢，光武帝東歸，竇融等回鎮原地。
竇融因為兄弟二人，都受侯封，而且久駐外鎮，專有方面之權，於是，內心常懷戒懼，不能自安，屢次上書朝廷，請求派人來替代自己的職務。光武帝下詔回復，說：“吾與將軍如左 右手耳，數執謙退，何不曉人意？勉循士民，無□離部曲”(《後漢書·竇融列傳》)。
隴、蜀平定之後，朝廷下詔，命竇融率五郡太守一起到洛陽奏陳事務。於是，竇融等奉詔東行，官屬賓客相隨，駕車千輛，牛羊遍野。竇融先到洛陽城門，奉上涼州牧、張掖屬國都尉、安豐侯印綬。光武帝派使者發還侯爵印綬，立即接見了他，使他盾於侯位。幾個月後，任命他為冀州牧，又過十幾天，升任他為萬司空，賞賜優厚，恩寵無加，傾動京師。竇融因為自己本非光武帝舊臣，而一人朝廷，就蒙此厚思，位在功臣之上，所以每次進見，容貌都非常卑恭，言詞也特別謙遜。光武帝見他能識進退，對他愈加親厚。竇融為人一向謹慎小心。如今久居高位，心中不安，屢次辭讓爵位。他先通過侍中轉達，然後自己上奏，說年事已高，兒子又不爭氣，因此不願再位列諸侯，也不願把侯爵傳給兒子。不久，他又請求進見皇帝，面陳此事此情，皇帝猜測出他的心思，沒有召見他。
一天，朝會完畢，諸臣退出，竇融逡巡滯留，光武帝知道他又要辭讓，就命手下人請他出去休息，不讓他上言。後來，皇帝召他議事，預先對他說：“日者知公欲讓職還土，故命公暑熱且自便。今相見，宜論它事，勿得復言”(《後漢書·竇融列傳》)。於是，竇融就不敢再請求了。
建武二十年(44年)，大司徒戴涉因為所推薦的人違法，被關進監獄，後死去。當時，三公參職，光武帝不得已也免去了竇融大司空的職位。第二年，竇融加位特進。二十三年(47年)，竇融代陰興行衛尉事，特進如故，又兼領將作大匠。竇友當時擔任城門校尉，兄弟二人都執掌禁衛部隊。竇融又提出退職還鄉，光武帝不準，常派人賞賜金銀布帛珠寶珍奇。竇友去世，皇帝念竇融年邁體衰，派中常待、中謁者到他的臥室，勸他努力餐飯，珍重身體。