當前我國衛生領域存在的主要問題，說到底，就是衛生事業的發展滯後於經濟和社會的發展，不適應社會主義市場經濟體制的要求，不適應廣大人民民眾的醫療衛生需要。主要表現在：
--衛生事業發展不快，衛生服務能力和水平與人民健康需求不適應，民眾"看病難"、"看病貴"的問題突出。目前，我國人口占世界總人口的22%，而醫療資源還不到世界衛生資源的2%，遠遠滿足不了民眾的醫療需求。從1991年到XX年，我國居民個人支付的醫療費用由345億元增加到3116億元，增長了8倍，大大超過了居民收入增長的比例，民眾醫療負擔沉重。不少貧困和困難群體得不到基本醫療保障，看不起病、住不起醫院。城鄉之間、地區之間衛生事業發展不平衡，差距擴大。
--政府在衛生服務領域的職責弱化。據統計，1991年的全國衛生總費用（888億元）中，政府投入、社會投入和居民個人投入分別占22.8%、38.4%和38.8%；XX年的衛生總費用（5150億元）中，上述比例分別為15.5%、24.0%和60.5%。政府投入比例下降了7.3個百分點，居民個人投入提高了21.7個百分點。衛生事業費占財政支出比重由80年代的平均3.1%下降到XX年的1.7%。政府投入比重下降，使居民個人支付的醫藥費用上升，基本醫療保障程度降低。
衛生經濟政策與醫療衛生改革的目標要求不協調、不配套。"以藥養醫"的補償機制加劇了治理"看病貴"的難度。
--衛生服務體系存在結構性缺陷。一是疾病控制體系、公共衛生服務體系和衛生執法監督體系不能適應中國多重疾病負擔的壓力，難以應對複雜的疾病流行的局面。集中表現在突發公共衛生事件應急機制不健全，疫情信息監測報告網路不完善，應急救治能力不足，執法監督薄弱。二是計畫經濟體制下形成的公辦醫院壟斷的局面沒有打破，吸引社會投資措施不力，民營醫療機構發展缺乏良好的政策環境，沒有形成各類醫療機構公平有序競爭的局面。三是衛生資源配置嚴重失衡，城市與農村、東部與中西部以及醫院與社區衛生醫療機構之間差距拉大。衛生資源約80%集中在城市，其中三分之二集中在大醫院。城市社區衛生服務資源短缺，發展緩慢，難以為民眾提供就近、方便、快捷、便宜的醫療衛生服務。農村缺醫少藥的局面沒有得到根本扭轉。
--醫療機構社會責任不明確。一些醫療機構偏向追求經濟利益，忽略社會責任。分配製度不能充分體現醫護勞動的技術價值，一些醫療機構和醫護人員收受"紅包"、回扣、開單提成，追逐"灰色收入"，影響了醫護人員的形象和提高技術、改善服務的積極性。
上述問題集中反映出衛生領域沒有實現全面、協調發展，政府衛生部門的職能還沒有真正轉移到加強巨觀調節、強化市場監管、完善社會管理和提供公共服務方面來。
解決當前衛生領域突出矛盾的根本出路，在於認清形勢，把衛生工作放在國家經濟和社會發展的大局之中，用科學發展觀作指導，深化改革，加快發展，科學管理，嚴格監督。要加強對衛生事業發展目的、發展內容和發展方式的研究，回答為什麼發展和怎樣發展的問題。我們必須明確，發展衛生事業需要擴大衛生醫療資源，改善服務條件和水平；同時也需要最佳化配置現有資源，調整服務結構，實施科學管理，提高服務質量；發展要靠政府增加投入，也要靠大力吸引社會資源。我們強調實現城鄉之間、區域之間的全面協調發展，不是要限制城市和東部地區的衛生事業發展，而是要加快農村和中西部地區的發展，加大城市支援農村、東部支援中西部的力度，逐步縮小差距，實現協調與可持續的發展。我們還必須明確，衛生事業發展的目的不是為了衛生醫療機構和衛生人員自身的利益，而是為廣大人民民眾提供方便、快捷、質量較高、費用較低的服務，滿足民眾的基本衛生需求，提高整個民族的健康素質。衛生系統的領導幹部和廣大衛生醫療工作者必須做到"民之所欲，長在我心"，牢牢把握住一切為了人民，一切依靠人民的宗旨，凡是有利於維護人民民眾根本利益的，我們就堅決支持；凡是損害人民民眾利益的行為，我們就堅決克服和糾正。我們要結合衛生工作實際，自覺堅持科學發展觀，努力實現黨的xx大提出的"建立適應新形勢要求的衛生服務體系和醫療保健體系，著力改善農村醫療衛生狀況，提高城鄉居民的醫療保健水平"的目標。