當前，企業集團合併報表系統的使用現狀不容樂觀，還存在著諸多亟待解決的問題，這些問題主要表現在無法實現自動對賬、欠缺自動抵銷功能和不能編制報表附註三個方面， 下面是企業集團合併報表系統。
在企業集團合併報表系統中，無法實現自動對賬是目前企業集團合併報表迫切需要解決的問題。一般來說，企業集團合併報表系統都有檢查項目關係和勾稽關係，但系統沒有足夠的判斷能力用於核對所有項目關係和勾稽關係，這都是由於企業集團合併報表系統無法實現自動對賬造成的。現有的企業集團合併報表系統不能識別、分類內部交易和內部往來，直接影響了企業集團合併報表的工作效率，許多集團編制合併報表的工作中對賬環節耗費了大量的時間。 欠缺自動抵銷功能
欠缺自動抵銷功能，也在一定程度上制約著企業集團合併報表的編制。在企業集團合併報表系統中，很多企業集團不能自動做抵銷分錄，一般軟體只能由操作人員按照會計準則和會計制度的要求，根據內部交易事項、性質和金額等情況，在系統中手工錄入抵銷分錄。即使是有些軟體的合併模組，也只能由系統自動生成一些常用的往來性抵銷科目，其他較為特殊的項目則不能自動生成。由上可知，企業集團合併報表系統欠缺自動抵銷功能，增大了企業集團合併報表的工作量，不利於企業集團合併報表工作的順利開展。