大中門
大中門是宋代孔廟的正門，始建於宋代，明弘治十二年（公元1499年）重修。“大中門”三字匾額系清高宗乾隆手書。
大中門兩側各有綠瓦拐角樓一座，各三間，平面作曲尺形，建在方形高台之上，這兩個角樓與孔廟後面東西兩角樓形成的矩形輪廓，即是元代孔廟的輪廓。孔廟內的主要建築物都在此輪廓之內。角樓建於元至順二年（公元1331年）。孔廟設角樓是仿照宮庭皇城角樓之制而建成的，意使孔廟像皇宮一樣威嚴。
同文門
同文門始建於宋代，原為三間，明代成化年間擴為五間。清康熙年間名曰“參同門”，清雍正七年（公元1729年）改為同文門。此門是一獨門，左右無牆。以前中國傳統的宮殿式建築，在主體建築之前常有小型建築作為屏障，以表示莊嚴，同文門就擔當著奎文閣的屏障作用。“同文門”三字為清高宗乾隆手書。
奎文閣
奎文閣原名藏書樓，始建於宋代，重檐五間，金明昌六年（公元1195年）改為三檐，賜名“奎文閣”。明弘治十七年（公元1504年）改為七間，清高宗乾隆皇帝題寫閣匾。
奎文閣東西闊30.1米，南北深17.62米，高23.35米，三重飛檐，四層斗拱，檐下八根八棱石柱，內部結構為層疊式木架，閣兩層，中間夾暗層，原上屋藏御賜經書，暗層藏印板，下層藏御香帛。
“奎”，星名。二十八宿之一。傳說為西方白虎之首，共有16顆星，“屈曲相鉤，似文字之畫”，《孝經》上講“奎主文章”，後人進一步將奎星說成是“文官之首”。所以，金章宗為讚頌孔子是天下文官主，將原藏書樓命名為“奎文閣”。
奎文閣自明弘治十七年（公元1504年）擴建以來，經歷了幾百年風風雨雨和上百次地震，在西面碑亭內有塊碑記載了清代康熙年間一次大地震，“人間房屋傾者九，存者一”，即說百分之九十的房屋倒塌，而奎文閣安然無恙。到本世紀八十年代初，奎文閣因歷年久遠，加之多年失修，有些木質糟朽，閣上方扭斜，於是由國家文物局主持，組織古建築專家聯合擬出修複方案，撥款120餘萬元，比原定工期提前一年將奎文閣重新整修。整修完的奎文閣，完全保持了原有的規格和風貌。
奎文閣廊下東、西各有一幢石碑，東為《奎文閣賦》，由明代著名詩人李東陽撰文，著名書法家喬宗書寫。西為《奎文閣重置書籍記》，記載了明正德六年（公元1511年）劉六、劉七率農民起義軍攻占曲阜、占領孔廟，“秣馬於庭，污書於池”，將奎文閣藏書“焚毀殆盡”以後，皇帝“又命禮部頒御書以賜”的情況。清代奎文閣中的藏書又有增添，清晚期將藏書移入孔府保存。
奎文閣內現為孔子聖跡圖陳列。孔子聖跡圖現存三套，一是明代聖跡圖繪畫，二是明代雕刻聖跡圖木板，三是明萬曆年間的聖跡圖石刻。這裡陳列的系明木板聖跡圖印本。聖跡圖全套120幅，描繪了孔子一生主要活動。
十三碑亭
過奎文閣便是十三碑亭院，院內有十三座碑亭，保存了唐、宋、金、元、明、清及民國時期所設立碑刻57塊，南排中間兩座碑亭系元代至元五年（公元1268年）和元大德六年（公元1302年）建的；次外兩座系金代明昌六年（公元1195年）所建，其它均為清代建築。按孔廟的建築發展，清代碑亭應建在大中門前，清皇帝為了顯示自己，將碑擁擠在各碑亭之前，故在此院內出現了雙檐穿插交錯的擁擠現象。因此有人說這種建築結構犬牙交錯，兩角相頂，巨檐相交，是古建築學上所講的“勾心鬥角”，“勾心鬥角”見於《阿房宮賦》，至於其建築結構是什麼樣子，已無法確知。
十三碑亭內碑文的內容均為歷代帝王、大臣們修廟、祭廟、告廟之類的記錄。從書法上看，真草隸篆、座座不同，其中有蒙古文、滿文與漢文對照石碑，通過十三碑亭可窺見出歷代建築技術的發展變化。
在孔廟內1372塊碑刻中，按其重量來說，最重的一塊碑應數清康熙二十五年所立的康熙御製碑（位置在大成門前東側），這幢碑碑身重35噸，連贔屓水盤共65噸重。此碑的石料采自於北京的西山，當時從北京將碑刻好，然後沿京杭大運河從通州運往濟寧，中間用了兩個多月的時間。然後又從濟寧運往曲阜，濟寧到曲阜90華里，徵用了民工600人，耕牛443頭，趁冬季寒冷，地上潑水結冰，碑從冰上滑行，文獻上講每天走臥牛之地，這樣90華里路運了整整十五個晝夜，耗費庫銀600餘兩。
大成門
大成門在宋代初年叫儀門。宋崇寧三年（公元1104年）因大成殿得名大成門。原門三間，明弘治十二年和清雍正二年兩次著火後重修，清世宗雍正題匾。此門用黃瓦、彩繪斗拱，前後各用四根石柱擎檐，前後中央四根深雕雲龍蟠柱，其餘四根為淺雕花紋，前後台階中有浮雕龍陛，均為明代中期雕刻。此處並五門，將孔廟分成三路，東為承聖門，院內為奉祀孔子上五代祖先的地方。西為啟聖門，內奉祀孔子父母。中路三門並立，東西各有掖門，東為金聲門，西為玉振門，中路為祭祀孔子夫婦及歷代先賢先儒的地方。
先師手植檜
大成門裡東側有一石欄，欄內有一棵檜樹，相傳為孔子親手所植。
此樹最早記載見於唐人封演所著《封氏聞見記》：“兗州曲阜文宣王廟內並殿西、南，各有柏葉松身之樹，各高五、六丈，枯槁已久，相傳夫子手植，永嘉三年其樹枯死”。手植檜樹原有三株，於晉懷帝永嘉三年（公元309年）枯死。隋大業十三年（公元617年）復生，唐乾封二年（公元667年）又枯；宋康定元年（公元1040年）再生，金貞佑二年（公元1214年）毀於兵火。到此，相傳原孔子手植檜樹絕跡。元至元三十一年（公元1294年）由三氏學堂教授張 將原東廡廢墟上發出的檜樹苗移栽於此地，即為第四代手植檜。明弘治十二年（公元1499年）孔廟著火，此樹被燒死，僅存樹身；清雍正二年（公元1724年）再次著火，燒毀樹身，僅存下約半米高的樹樁。樹樁一直保存到“文革”前，“文革”初期被鋸掉樹樁，現石欄內尚保留有第四代樹的樹根。現在挺挺高聳的檜樹是清雍正十年（公元1732年）復生的再生檜。因此，如果算孔子親植，那么正好是第五代樹。