現手植檜高大勁撥，圍有二人合抱，枝冠似傘，樹身似銅，高達十五、六米，樹頭向南傾斜，不知為什麼，清代復生的手植檜樹的形狀竟和明代萬曆年間的聖跡圖石刻上原手植檜的形狀幾乎完全一致。有人認為這個與地理位置有關係，不知能否解釋清了。仔細想來，似乎有些道理。
先師手植樹歷來受到重視，“此檜日茂則孔氏日興”，將它和孔氏子孫的命運聯繫在一起。宋代米元章（米芾）將手植檜與封建統治者的命運聯繫在一起，有詩為證：“矯龍怪，挺雄質，二千年，敵金石，糾治亂，如一昔”。
樹東立有一碑《先師手植檜》，此碑立於明萬曆二十八年（公元1600年），字型酣暢，渾厚有力，是明代楊光訓手書。
杏壇
宋代以前孔廟內並沒有杏壇。現杏壇的位置是宋代以前孔廟的正殿。宋天禧二年（公元1018年），孔子第四十五代孫孔道輔監修孔廟，將正殿擴建，位置後移。為紀念孔子講學，在原正殿舊址“除地為壇，環植以杏”，即築一個土台，周圍植杏樹，名曰“杏壇”。金代在壇上建亭，元世祖至元四年（公元1267年）重修，明穆宗隆慶三年（公元1569年）重建。
杏壇是紀念孔子講學的地方，最早記載見於《莊子•漁父篇》，“孔子游乎緇帷之林，坐休乎杏壇之上，弟子習書，孔子弦歌鼓琴”。至於原來沒有杏壇，或者說有杏壇在什麼地方已無法考證了。一般來說《莊子》上面的記載是比較可信的，但《莊子》下篇一般認為是偽作，而《漁父篇》出自《莊子》下篇。因此，對於原杏壇的記載真偽難辨，尚不得考證。
杏壇內現有石碑兩幢，背東面西一碑為金承安三年（公元1198年）文人党懷英篆書“杏壇”二字，由孔子五十一代孫孔元措立石於亭內的，面南一碑為清高宗乾隆手書的《杏壇贊》，寫道：“重來又值燦開時，幾樹東風簇絳枝，豈是人間凡卉比，文明終古共春熙”。
杏壇的建築結構較為別致。這種結構在全國來說也是不多見的，四面懸山，十字結脊，巨角重檐，黃瓦朱欄，雕樑畫棟，精美華麗，從四面觀看形狀一致，具有獨特的建築特點。亭周圍有方正石欄，亭前水波花紋石雕香爐，傳系金代遺物。
大成殿
大成殿是孔廟的主體建築，是祭祀孔子的中心場所。宋崇寧三年（公元1104年）據《孟子》“孔子之謂集大成”語意，詔名文宣王殿曰“大成”。讚頌孔子思想空前絕後，完美不缺，集古聖賢之大成。
大成殿始建於宋天禧二年（公元1018年）。現在看到的大成殿是清雍正時期火後重建的。大成殿闊九間，深五間，主殿高24.8米、闊45.69米、深24.85米，重檐九脊，黃瓦飛甍，斗拱交錯、雕樑畫棟。四周有迴廊，頂端檐吻足有一人之高，前檐下為十根浮透雕水磨大石柱，柱高5.98米，直徑0.81米，每柱二龍對翔，盤繞升騰，中刻寶珠，四繞雲焰，下飾蓮花石座。從底到上全部雕刻深邃，雲龍騰起如飛，神態各異，遠而望之，祥雲之中蛟龍盤鏇飛舞，使人無不感到驚訝萬分。大成殿兩側迴廊和後面迴廊下的18根石柱為八棱八面柱，上有淺雕雲龍戲珠，每一面為九龍戲珠，每根柱上就有72條龍。
殿下有雙層台基，前有高二米的大露台，東西寬約45米，南北35米，南有兩層大型浮雕龍陛，四周圍以雙層石欄，石欄下東西南三面共突出24個石雕螭首。雙層石欄設計規整古雅，有復道四通。大露台是祭祀孔子時舞蹈奏樂的地方。整個大成殿氣勢雄偉，結構整齊，規模宏大，突兀凌空，金箔貼裹，群龍競飛，具有明顯的東方建築特色。與北京故宮太和殿、泰安岱廟裡宋天貺殿並稱為東方三大殿。
大殿內有9座大型神龕，17座塑像。中間一座是孔子，孔子像坐高3.35米，頭戴十二旒冠冕，身穿十二章王服，手捧鎮圭。孔子在歷史上被尊為文宣王后曾經有過爭論，唐玄宗開元十七年（公元739年）追謚孔子為“文宣王”，著王者之服，但此“王”並不確切，因為“王”有君王和侯王區分，有人認為應屬君王之“王”，也有人認為應屬侯王之“王”。宋真宗大中祥符二年（公元1009年）“加冕九族，服九章，從上公制”。因此看來，宋以前“文宣王”之“王”應屬侯王之“王”，以後隨著孔子地位進一步升高而被確認為君王之“王”。所以孔子身著的服裝是十二章西周的王服（天子之制）。
孔子兩側神龕內為四配，東位面西的復聖顏回和述聖孔伋，西位面東的是宗聖曾參和亞聖孟軻。四配塑像坐高2.6米，身穿九章公服，手執躬圭，如古代上公禮制。其後還有“十二哲”塑像。
大成殿內除17座塑像外，還有10方巨匾（有的還未復原），正中是康熙皇帝手書的“萬世師表”，光緒皇帝的“斯文在茲”，兩側是鹹豐和道光的，南面是乾隆皇帝的“時中立極”等，門外正中“生民未有”是雍正皇帝的手書。
寢殿
大成殿後是寢殿。寢殿，是祭祀孔子夫人的地方。孔子夫人是春秋末期宋國人，複姓亓官，十九歲嫁給孔子，先孔子七年去世。關於亓官氏的情況典籍中記載較少，宋大中祥符元年（公元1008年），真宗趙恆追封孔子夫人“鄆國夫人”，元代至順三年（公元1332年），被加封為“大成至聖文宣王夫人”，明嘉靖八年（公元1529年）孔子改稱為“至聖先師”，她也改稱為“至聖先師夫人”。最初魯哀公立廟時，亓官氏即同孔子一起被祭祀，唐代開始有寢殿專祠，早期曾有過亓官氏的塑像，後改為畫像，清雍正年間火後重建時，改為木製牌位，上寫“至聖先師夫人神位”，上罩木刻神龕，龕前有供桌。