2、法律和政策銜接不協調，是糾紛產生的法制性根源。從1983年1月中共中央關於《當前農村經濟政策的若干問題》的出台，到2003年3月《中華人民共和國農村土地承包法》（以下簡稱《土地承包法》）、2005年7月最高人民法院《關於審理涉及農村土地承包糾紛案件適用法律問題的解釋》（以下簡稱[2005]法釋6號）的實施，歷經20餘年的發展過程中，我國對農業土地承包經營中產生糾紛的解決，走過了主要依靠政策調整到以政策調整為主、法律調整為補充，再到政策調整與法律調整並重直到目前主要依靠法律調整的歷程。法律、政策的多變性和靈活性與土地變動緩慢的過程性、滯後性產生矛盾。例如我國在實行家庭聯產承包責任制後，曾經推廣過“兩田制”，而在這種制度被國家認定不利於土地的長期利用之後，很多地區卻還在積極的繼續施行，與國家政策和法律脫節。此外，地方執行政策、鄉規民約與中央政策的不協調，更在實踐中播下了矛盾的種子。例如，在合川市，為“完善土地承包和搞活土地承包經營使用權”，合委發（1994）43號、合委辦發（1994）50號和合農委發（1994）28號文以及合川市轄區內所有第二輪承包的土地使用權證上，規定了“農轉非”、外嫁女、撂荒等情形下，發包方有權收回土地。而這種做法，早已為國發《〔1992〕52號》所禁止。儘管《農村土地承包法》和[2005]法釋6號，擴大了農民的土地處分權，土地承包最低30年不變，但是因為歷史的、政策的原因，使得法律和現實脫節，使良好的法律政策無法實際良性運行。由於沒有根據國家法律、中央政策的改變對土地政策及時調整，違法收回農民土地等土地糾紛大量產生。合川市草街鎮大廟村書記的話道出了其中的尷尬和無奈，“我們嚴格按照政府的規定辦事，（收回“農轉非”、外嫁女、撂荒農民的土地）即便錯，也是政府的錯。”
3、農民利益分化是糾紛產生的結構性根源。隨著農村經濟體制改革的不斷深入，國家和政府在逐步加大對農業的各項投資建設，涉及農村和農業的政策也逐漸向著農民利益傾斜，因此在相當長的時間內，農村土地的增值成為必然。然而我國人地矛盾十分突出，因此糾紛產生就有其不可避免的結構性因素。這幾年土地承包價格上漲十分明顯，前幾年一畝地承包價格是幾十元甚至十幾元、幾元，現在漲到了每畝幾百元，土地發包初期沒有提出異議或進行荒地開發時沒有提出異議，後來經開發土地狀況變好或種植的農產品價格上漲，土地承包者獲得了較大利益，土地所有的村集體組織成員，因利益驅動心理不平衡產生糾紛。
4、地方政府職能錯位是糾紛產生的體制性根源。在社會轉型期，政府職能錯位、行為失范的現象時有發生。在政府與農民的關係上，表現為：（1）有些基層政府行為不規範，對農民的自主經營權干預過多，時有越權處理農村的具體承包契約，對山林、池塘水庫等承包契約的干涉尤為突出，甚至為搞政績工程，強迫農民退出其生存的土地，占用大量的耕地和農田，侵害農民的土地利益；（2）有些鄉鎮政府工作不到位，缺乏必要的村、鎮幹部行政規範指導，造成農村承包契約的訂立和履行以及土地使用證書的發放和管理中不必要的失誤，導致糾紛的產生。
5、基層組織社會控制力弱化是糾紛產生的社會性根源。社會轉型期使人情社會逐漸走向理性社會，由對人的依賴逐步走向了對物的依賴，人的組織認同感、歸屬感逐漸淡化，基層組織的社會控制力明顯弱化。這一點在農村表現得尤為突出，鄉村基層組織自律不嚴，民主法制意識淡薄，損害民眾利益的行為經常發生，對民眾的號召力、凝聚力和說服力大大減弱。從調查的情況看，許多土地使用權流轉、農地徵用、及農村集體經濟收益分配等糾紛，均由於村基層組織實施的重大決策沒有按照村民委員會組織法的規定運作，沒有召開村民大會或村民代表大會方式進行民主決議，損害了農民民主權利和財產權利而引起。民眾的利益一旦受到損害，在本地區本組織內難以解決或無法解決後，通過法律途徑解決已成為人們的普遍性選擇。