（三）辦件質量參差不齊
從已辦理的業務來看，存在辦件質量不高，沒有按相關規範要求辦理的現象。部分視窗仍然按原來的辦理程式辦理，或在原單位先行受理、辦理，致使中心成為 “收發室”。如此以來，“中心”在辦理過程中成了一個擺設，非但沒有起到提高行政效率的作用，反而多設了一道門檻，也增加了行政成本。
（四）考勤考核舉步維艱
中心自運行以來，大多數視窗單位工作人員能嚴於律己，自覺遵守中心考勤制度，切實轉變工作作風、提高辦事效率。但也有個別視窗單位工作人員更換頻繁，工作銜接不夠，造成熟悉業務周期變長；還有個別視窗工作人員請假過多，甚至有頂崗不及時超成脫崗現象發生。由於“中心”沒有掌握視窗工作人員的人事權，經濟權，造成中心在人員管理上十分被動，僅僅依靠表揚、批評、通報等形式已很難有效管理。
（五）依法行政能力不強
一是依法行政的氛圍還不夠濃。一些行政執法人員法律知識欠缺，執法為民的意識還不強，沒有真正把依法辦事落實到具體的行政管理工作中去，行政執法水平還不高；二是全區依法行政工作發展不夠平衡，部門間差距較大，規範性檔案應備不備和報備不及時的現象依然存在；三是法制工作力量還比較薄弱，難以承擔日益繁重的工作任務。
（六）中心管理的職能不強
公共行政服務中心是區委、區政府為民辦實事的一座橋樑、一個視窗。中心發展狀況令人精神振奮，但是由於項目進駐不到位、授權不到位，實際上中心一定程度上並沒有起到相應的作用。目前，行政服務中心與各視窗單位只是一種協調服務的關係，雖然區委、政府賦予了一定的管理權力，但實際上很難運用到位。
（七）網上辦公與電子政務未能如期運行
加強行政服務網路建設，是行政管理體制和施政方式的一項重要改革。主要目的是通過行政服務網路，為民眾提供方便快捷、優質高效的行政審批服務和公共服務，進一步轉變政府職能，規範行政審批行為，最佳化經濟發展環境，推進服務型政府建設。由於多種原因，我區行政服務中心網上辦公與電子政務都未能如期運行。雖然XX年配備了電子監控系統，但與目前所需的電子監察系統還相距甚遠。
以上問題究其原因，主要是思想觀念和體制機制創新滯後不適應當前發展需要的集中表現。
一是思想觀念上滯後。近年來，我區的經濟發展環境、機關工作作風得到了明顯改善，但受傳統的計畫經濟行政方式的長期影響，一些落後觀念還在不時的發生作用。如重管理輕服務、重收費輕監督、以罰代管的行政觀念；高高在上、養尊處優的人治觀念；指手畫腳、盛氣凌人、態度蠻橫的工作作風等等，還很自然地在極少部分人身上表現出來。一些部門認為建立“中心”沒有必要，不利於現行的行政管理格局和秩序，因此，在認識上、主觀上想方設法敷衍了事。
二是體制機制上不順。首先是部門審批環節多。有的審批項目既要按地域又要按層次報批，涉及到省、市、縣級多個部門，這樣的項目很難進“中心”按要求一站式集中辦理，當事人多頭跑的現象難以消除。“中心”無法對其實行有效監督和管理，最多起一個聯絡溝通的作用。有的部門在“中心”所設的服務視窗，基本上只能起到“收發室”或“掛號台”的作用，體外循環不可避免，審批鏈條無法緊密連線。其次是權利分割程式多。一個部門的權力劃分到好幾個科室和若干個人，又各自劃歸幾位領導分管。如果把所有的審批事項都授權給視窗統一辦理，明確一名部門領導統管，那么就會出現權力旁落，甚至出現有職無事的現象。