（二）政策維持的多、發展的少，扶持力度不夠強。雖然庫區政策擁有其他地區難以比擬的政策優勢，但這一系列政策大多是以保證移民和城鎮工礦企業按期搬遷、保持庫區穩定、解決庫區經濟社會生活中出現的急迫問題等為基本取向，出台的政策更多是為了維持現狀，或針對現實急難問題而不得不出台的“救火”型的政策，沒有很好地在政策設計上體現出“見之於未萌，防之於未發”的理念。比如，三峽水庫蓄水後水庫征地線上的部分地段出現坍岸、浸沒損失，水面漂浮物清理，庫汊上增設的渡口運行等水庫維護和管理目前尚無專項經費，影響工作正常開展。已經出台的庫區發展政策力度不夠，政策內容不具體，操作性較差。儘管在《長江三峽工程建設移民條例》中提出了三峽工程建設移民“採取前期補償、補助與後期生產扶持相結合的方針”，但現行扶持政策直接投入較少，扶持時間短，扶持方式不盡完善，主要包括建立後期扶持基金、三峽電站稅收分成和設立三峽庫區產業發展基金等，每年到縣約1億元左右，扶持時間一般在2024年前後，相對庫區薄弱的經濟社會基礎和巨大的就業壓力等現實問題而言，政策力度顯然不夠，難以兼顧庫區吃飯與長遠發展。總之，現行政策未將移民遷建的強制性與庫區經濟社會發展的內在自發性有機結合，還未在解決庫區現實困難與促進庫區長治久安和建立持續發展機制之間找到有效的政策契合點，著眼庫區長遠發展、促使庫區跟上全國全面建設小康社會進程而系統設計的政策偏少。
（三）政策原則的多、靈活的少，執行效果不突出。再好的政策如果沒有好的實施機制，也容易偏離政策目標，導致政策認定和落實的成本過高，使政策優惠幅度大打折扣、效果不佳。比如現行政策中的庫區產業發展基金，目前國家對庫區產業發展基金項目的審批程式比較繁瑣，不論投資規模大小都需要通過國務院三峽辦、國家發展改革委、財政部分別審查，還不包括省市和縣上的初審；加之國家部委審查要求各不同，更是增加了基層申報工作量和行政成本，影響了項目業主積極性。同時，產業發展基金在使用比例上要求以貸款貼息為主，需占基金安排總量的60%以上，貼息申請還需附上利息支付憑證等，手續繁多。業主往往對繁瑣的申報程式望而生畏，有的在權衡得到的支持與付出的成本之後感到優惠甚微，申報項目的積極性大為降低。再則，部分政策脫離庫區經濟社會發展實際，要求縣級財政配套相應資金，比如農林水利建設、交通建設、社會保障等，為了爭取到上級支持，身為“吃飯財政”的奉節只能承諾配套，而實際上難以落實到位；部分政策因區位環境等限制而無法落實，比如將庫區區縣列為三峽經濟對外開放區、享受沿海經濟開放區的政策，由於我們並不具有沿海地區的區位優勢，無法真正享受沿海地區的優惠政策，諸如此類的政策象徵意義大於實質性意義。
（四）政策過時的多、適時的少，填補空白不積極。隨著國家總體政策的調整和西部大開發等重大政策陸續出台，中央在九十年代給予三峽庫區的部分特殊優惠政策已經過時，不再具有優惠價值。比如企業所得稅減免政策，過去對庫區的優惠幅度低於出台的西部開發稅收政策，在同等條件下我縣將適用西部開發的政策規定，針對對庫區的所得稅優惠政策已失去了打造政策特惠區的意義；農業稅、農業特產稅的減免政策在全國範圍內取消農業稅、農業特產稅的新的政策背景下，對三峽庫區不再有繼續存在的價值。不僅如此，庫區現有政策在部分領域的還存在著政策“真空”。 比如長江中下游地區補償庫區及上游發展的利益分享機制亟待建立，庫區出口不暢、路網密度低、物流成本高、城鎮化程度偏低、基礎設施落後等“瓶頸”亟待破解，加快要素市場特別是金融市場建設等改善庫區發展環境方面的政策還基本沒有，需要抓緊研究。