由於土地徵用而產生的土地產權的轉移並不是真正的市場公平交易，而只能把其看成是一種特殊的土地產權交易。不過，也應當注意到，改革開放以來市場經濟的發展已經對非市場的法定補償標準造成了衝擊。近幾年征地改革試點過程中出現的各種新的補償方式和概念，如實物補償、合作補償、年薪制補償、綜合價等，也反映了土地市場供求關係對土地補償價格形成的影響。但是，這種在缺乏必要的法律保證的條件下形成的征地補償費，仍然嚴重偏離市場決定的價格水平。因此，征地費用水平就無法成為調節土地市場供求關係的槓桿。
除了農村集體土地所有權的不完整性外，現有徵地制度還存在著以下嚴重弊端：
（1）“公共利益”和“國家建設用地”定義模糊。
（2）徵用土地的程式不完善
（3）征地補償機制存在根本缺
（4）對於征地補償費的處置缺乏明確合理的規定。
（5）缺乏獨立的征地補償費評定機構。
（6）缺乏明確、獨立和有效的征地糾紛調解仲裁機制。
土地徵用制度的缺陷，導致了土地徵用過程中一系列的嚴重問題。主要包括：
（1） 地方政府濫用征地權利，導致耕地急劇減少和土地資源的嚴重浪費
（2） 失地農民的經濟利益嚴重受損。
（3） 失地農村人口的安置問題面臨新的挑戰。
上述種種問題的存在，充分顯示了土地徵用制度改革的迫切性。
二、 創新土地征地制度，切實維護農民利益
社會經濟發展的客觀需要和各個國家的實踐，土地征地制度的改革，要注意把握嚴格控制占用耕地和保護農民利益這兩條。改革的總目標就是要建立一套既能充分保障被徵用土地者的合法權益，又具有效率和有利於土地資源合理利用的土地徵用制度。鑒於土地徵用制度的缺陷與征地過程中存在的問題，能夠更好的做到切實維護農民利益，土地徵用制度改革應當體現以下原則：
第一，農村集體土地所有權應當與其他財產權利一樣享有憲法的同等保護，農村集體和農民個人應當擁有對於政府徵用其所有的土地和征地補償的合理性提出異議的權利，而且在土地被徵用時應當以市場價格為基礎得到公平的補償。
新的憲法修正案規定，國家對於徵收和徵用土地給予補償。此修正案並未排除在土地徵用時可以對於集體所有的土地給予市場價格基礎上的補償。而且，新的憲法修正案包括了對於依法獲得的私人財產權予以憲法保護，這意味著合法的私有財產在社會主義市場經濟體制下享有與其他性質的財產權平等的地位，在市場交易時應當獲得公平的市場價格或者補償。這實質上也體現了市場經濟條件下必須平等對待各種財產權利的客觀要求。那么，就沒有理由對於依法確立的集體土地所有權繼續實行過度的限制。簡單地說，集體土地所有權在土地交易過程中應當按照市場價格獲得公平的補償。應當明確的是，即便仍然限定集體土地所有權只能轉化為國家土地所有權，在土地徵用過程中同樣可以按照市場價格對於集體土地予以補償。
第二，應當根據我縣的具體情況制定專門的土地徵用辦法，對於土地徵用的程式和土地徵用補償的原則作出公正明確的規定。既要保證國家徵用土地的公權力的有效行使，也要充分保障土地被徵用者的合法權益。應當對於征地過程中的所有環節作出明確細緻的規定。這包括征地申請、征地前公告、征地聽證、征地批准後公告、征地公告登記、進入和實際占有土地、征地補償的原則和標準、征地糾紛的處理等各個方面。