第三，確立以市場價格為基礎進行征地補償的原則。土地是重要的生產要素和稀缺的資源，市場機制是實現其有效配置的基本途徑。只有按照市場價格進行征地補償，才能有效保障農村集體和農民的合法權益。征地補償費的構成，應以確定需補償的項目來確定。這應當包括土地本身和地上附著物補償費、搬遷費，以及必要的法律和專業服務費用，如測量與評估費用等。
第四，建立合理的征地糾紛調解機制。征地過程中的糾紛主要表現在兩個方面：征地本身的合理性和征地補償的合理性。就征地本身而言，糾紛的核心為是否應該征地和征地的數量是否合理這兩個問題。征地補償方面的爭議則是關於補償標準是否合理。所以在制定征地辦法時，應當對於征地程式和征地補償糾紛的處理機制分別予以規定，要明確行政部門、獨立機構和司法機關在解決各類征地糾紛中的地位和作用。這主要包括它們對於征地行為合法性和征地補償合理性的判定。除了行政複議外，由政府任命的獨立機構可以就征地合法性問題舉行聽證會；政府也可以建立獨立的土地價格評估委員會或者土地仲裁庭，對征地補償價格進行核定和裁決；而且必須要在征地法中明確賦予人民法院最終審理征地行為合法性和征地補償合理性的權力。
第六，改革土地補償費管理和分配體制，建立適應市場經濟體制要求的新的失地農民安置機制，確實保障失地農民的切身利益。由於中國土地制度的公有性質，土地徵用是農村土地轉化為城市土地過程中一個必不可少的環節。這就意味著土地徵用在中國的土地利用中成為普遍的土地供給手段，從而也使得因征地而失去土地的農民的安置成為一個十分敏感的社會經濟問題。從理論上講，在征地部門對於被征土地按照市場價格補償後，就不對被征地集體的農民有任何其他的義務了。在制定土地徵用辦法時應對農村集體土地的徵用補償費的支付與處置有相應的規定，以充分保障失地農民的合法權益。
首先，土地補償方案必須在擬征地所在集體予以公告，並以書面形式送達該集體各個農戶。在該公告中，應當明確告知該集體或者其成員在規定的期限內有對征地補償方案向法定的部門或機構提出異議的權利。
其次，在征地部門正式占有和使用土地之前，必須在法院認定的銀行賬戶記憶體入足夠的土地補償費。如果不是預估的補償費全額也應當不少於百分之九十。同時，要在法律上規定征地部門必須自取得土地產權之日起，按照法定的利率支付所欠征地款的利息。這樣，可以防止征地部門拖欠農民的征地費，
再次，必須改革土地徵用補償費的分配體制。征地補償費的不同構成部分的分配辦法應當不同。按規定應該付給農民的各項補償費，如地上附著物和青苗補助費及搬遷費，應當直接支付給被征地的農民，避免侵占和挪用的發生。對於屬於對集體土地所有權的補償的部分，應當為被征地的所有集體成員共同所有。這又包括兩種基本情形：部分集體成員的承包土地被徵用；全部集體土地被徵用。當只有部分集體成員的承包土地被徵用時，屬於土地所有權補償費的一部分應當用於補償被征地農民因失去所剩年期的土地承包經營權的損失。當全部集體土地被徵用時，土地所有權的補償費應當屬於全體村民。應當以公有基金的形式進行管理和投資，以保障失地農民發展經濟和重新就業。應當制定相應的土地補償費管理使用的規定，以規範資金的使用，防治貪污、挪用和浪費。