5、為得到國家財政補貼鑽註冊登記的空子。一是部分農民不明白成立合作社的真正意義，《農民專業合作社法》的頒布確實有一些比較吸引人的優惠政策，為了能得到國家財政補貼的目的，用家庭成員的名義拼湊夠法律要求的成員5人以上的規定，成立合作社。這種所謂的合作社雖具有法定形式，但其生產規模仍是家庭聯產承包責任制下的個體農民家庭，再加上相關政策不配套，合作社登記後是否經營正常，是否名存實亡，工商部門難以掌握；二是有的組織形式明明不是合作社，只屬於個人投資或者合夥，考慮到工商部門辦理農民專業合作社營業執照不需要驗資，出資情況只需填寫一張“出資清單”，提交相對註冊公司簡單得多的手續就可以拿到營業執照，而且不收取任何費用。再加上工商部門對合作社有著“不收費、不年檢、不處罰”的優惠政策，導致個別人帶著鑽法律、政策空子的心理來登記農民專業合作社。
6、利益聯結機制較鬆散。##旗的農民專業合作社普遍規模小、實力差，絕大多數沒有實行二次返利，甚至大多數沒有分過紅，沒有與成員建立起利益共享、風險共擔的緊密型經濟關係。目前的合作社多數是通過對農戶提供技術信息服務、優惠供應生產資料、種禽種苗等形式，與成員建立起相對穩定的購銷關係，有的組織儘管與農戶簽訂了契約或契約，確定了最低保護價，但由於缺乏規範性，違約現象時有發生，雙方利益得不到有效保障。
7、相關政策不完善導致監管困難。國家頒布《農民專業合作社法》是國家惠農的大好政策，是出於對這一經濟形式的鼓勵和扶持而制定的。但由於既沒有明確監管措施，也沒有規定罰則，給工商部門的監管造成了一定的困難。在這次調研中發現的一些合作社組織形式不規範、長期不運行等實際問題，都由於在法律上沒有相關規定而無法進行規範，甚至對於合作社的違法行為法律也沒有明確規定。
三、發展農民專業合作社的對策和建議
##旗的農民專業合作社還處於官辦向民辦的體制轉型期，官民聯辦，企民聯辦和民辦的組織雖然是雛形時期，但卻顯示出了旺盛的生命力。從推進農民專業合作社發展的角度看，還有很多亟待解決的問題。對此，提出如下對策和建議：
1、圍繞特色主導產業，壯大合作社事業。圍繞當地農業特色主導產業和產品因地制宜組建合作社。通過農民專業合作社真正把千家萬戶的農民聯合起來，將一些經營分散、規模小的農戶，按照市場化要求、區域化布局、專業化生產、標準化管理、集約化經營、品牌化銷售組織起來，實行產銷聯合，做大做強合作社事業。
2、探索合理運行機制，不斷完善服務內容。農民專業合作社搞的好不好？有沒有凝聚力和競爭力？關鍵是看它的運行機制優不優。我們應從本地實際出發，以農民獲得最大的利潤為目的，引導建立適合當前農民專業合作社發展的科學合理的運行機制，確保農民專業合作社做大做強。在管理上，按照合作制原則，重大事項充分協商、以票決定，做到民主決策；在經營上，按公司制運作，實行成員大會和理事會制度；在利益分配上，採取以成員與合作社之間按交易額比例返還和股份分紅相結合的分配方式，建立農戶與合作社之間的利益聯結機制，在同擔風險、共享利益的基礎上為農戶提供信息、技術等服務，形成產、供、銷一體化發展。