3.新農合統一的標準體制難以適應收入水平差距極大的農民人人享有衛生保健的要求。由於地區經濟發展差異， 我國農村各地的經濟發展水平極不平衡，形成了東部、中部、西部的收入梯度，而區域內部因鄉村勞動力的急劇分化和大規模的非農化、職工化，農民對醫療保障的要求也不一樣，這就給建立統一的農村醫療保障體制即農村醫療保障的主體、項目、資金籌集、管理方式、待遇標準等方面的統一設定了障礙。
（二）政府政策不穩定，投入不足，缺少法律保障：
1.農村合作醫療的政策不穩定，有關政策之間相互衝突。經濟體制改革以後，國家對合作醫療採取了放任自流的態度。這就使得發展農村合作醫療失去了國家政策的“強制性”威力，再加上地方、部門之間的利益分割和對立，使得他們的主動性大大降低，沒有足夠的動力來推動合作醫療政策的實施。90年代以後，國家為減輕農民負擔，取消了“合作醫療”項目，這一政策與國家支持發展農村合作醫療的政策相衝突，因而加大了發展農村合作醫療的難度。
2.政府財力不足，公共資財籌集難。衛生醫療事業本是公共產品， 政府對其必要的投入是理所當然的事。然而近些年來，國家對合作醫療沒有明確的籌資政策，各級財政對合作醫療也沒有明確的支出項目。目前我國合作醫療已經演變成為農民個人集資為主的模式,也就是說，用農民自己的錢給自己減免小傷小病費用，難以分擔他們因大病所引起的沉重負擔。這不僅達不到應有的互助共濟、分擔風險的目標，而且增加了合作醫療的管理成本，最終削弱了農民參加合作醫療的積極性。
3.沒有專門的法律法規保障農村的合作醫療制度。沒有法律制度的保障，使得合作醫療的性質不能確定下來，其在整個社會保障體系中的作用也難以定位，缺乏穩定性和持續性，容易產生混亂。農村醫療保險立法必須符合我國現階段經濟發展狀況和農民需要，如果不能切實減輕農民醫療負擔，以強制為原則，必然會引起農民反感。
（三）農民思想認識有偏差，對政府缺乏足夠的信任：
1.農民自我保健和互助共濟意識弱。互助共濟是傳統美德，但現階段對於並不富裕的民眾都要求有這樣的思想境界是不現實的。目前大部分農民比較現實，今天用了20元參加了合作醫療，就想著能不能得到實際的利益，許多農民認為交了錢沒有生病就吃虧了，也有的覺得這個制度交了錢連資助誰都不知道等於白交。生病後能拖則拖、能扛則扛，也反映出一部分農民自我保健意識不強和對因病致貧、因病返貧的嚴重性認識不足。
2.地方政府的管理方式讓農民心存疑慮。在新型農村合作醫療制度的宣傳和推行過程中，最大的困難之一是農民普遍存在的對政府的信任問題。擔心合作醫療能不能長久,擔心各項政策能否真正落實， 擔心合作醫療經費會不會被截留、挪用、貪污和私分, 擔心在實施過程中有沒有憑關係、走後門,在報銷範圍和額度上因人而異,等等。
（四） 現有的農村醫療衛生資源配置極不合理，難以充分發揮效益：
1.按照農村的行政區劃設定衛生醫療網點，使不少網點實際上業務不足，可有可無。不少地方的農民基本可以做到小病不出村、大病直接去縣或縣以上醫院。因此，一鄉(鎮)一院的布局已明顯不能適應新的情況。這是相當多的鄉鎮衛生院業務量減少、自身生存困難的一大原因。