3、工作經費。旗政府為開展新型農村牧區合作醫療工作安排相應的工作經費。旗合管辦的人員工資和工作經費列入旗級財政預算，蘇木鎮、街道合管辦的工資補助和工作經費列入旗財政預算，不得從新型農村牧區合作醫療基金中提取。
（二）基金籌集
新型農村牧區合作醫療制度實行個人繳費、集體扶持和政府資助相結合的籌資機制。
1、個人繳費。農牧民個人每年每人繳費10元。持有證件的農村牧區五保戶、特困戶參加當地的新型合作醫療，個人籌資部分由民政部門依據上一年度農村牧區特困戶、五保戶底數從醫療救助基金中支出。
2、集體扶持。有條件的鄉村集體經濟組織應對本地新型農村牧區合作醫療制度給予適當扶持，集體出資部分不得向農牧民攤派。鼓勵社會團體和個人資助新型農村牧區合作醫療制度。
3、政府補助。中央財政對參加新型農村牧區合作醫療的農牧民每人每年補助20元，自治區、市、旗財政每人每年補助20元。自治區、市、旗三級財政按10:5:5比例安排補助資金。旗本級財政將視經濟發展情況適度增加投入。
（三）基金管理
農村牧區合作醫療基金要按照以收定支、收支平衡和公開、公平、公正的原則進行管理和使用。基金專戶儲存，實行收支兩條線專項管理，必須專款專用，不得擠占挪用。
1、管理方式。農村牧區合作醫療基金由旗農村牧區合作醫療管理委員會及其經辦機構進行管理。採取旗級綜合管理，家庭帳戶以蘇木鎮為主的核算辦法。採取統一招標方式，選擇網點覆蓋面廣、信譽好、服務質量高、提供優惠支持條件的商業銀行作為合作醫療基金的代理銀行，所有合作醫療基金全部繳入財政部門在代理銀行開設的財政專戶。做到“銀行見錢不見帳，經辦機構見帳不見錢”真正實現新型合作醫療基金收支分離，封閉運行。
2、收繳方式。農牧民個人繳費可在自願參加並簽約承諾的前提下，由蘇木鎮政府和街道辦事處收繳，開具財政部門統一印製的專門收據。集體經濟的扶持資金，由旗合管辦及其委託經辦機構收繳。個人和集體繳費應及時轉入農村牧區合作醫療基金財政專戶。各級財政支持資金，由財政局根據參加新型農村牧區合作醫療的實際人數，按標準及時劃撥到農村牧區合作醫療基金財政專戶。
3、收繳期限。農牧民個人繳納的下一年度基金要在當年12月20前收繳完畢。旗合管辦要在當年12月底前統計參加合作醫療的農牧民人數，核准後上報上級財政、衛生等相關部門。
（四）補助原則和方式
1、補助原則。合作醫療基金實行大額醫療費用統籌補助為主，建立大病統籌基金和家庭帳戶。家庭帳戶基金每人8元，用於支付個人門診醫療費用，其餘2元納入大病統籌基金，用於參加新型合作醫療農牧民的住院和大額醫療費用報銷。非住院醫療費用不得使用大病統籌基金（如：婚前醫學檢查費用、結核病治療費用等）。
2、補助比例和額度。旗合作醫療管理委員會根據籌資總額，結合我旗實際，合理確定合作醫療基金的家庭帳戶和大額醫藥費用補助的起付線、封頂線和補助比例。既要防止補助比例過高而透支，也不能因補助比例太低使基金沉澱，影響農牧民受益。每年合作醫療基金結餘不得超過年度基金總額的15%。要根據我旗實際建立3%的合作醫療風險基金。住院醫療費用起付線蘇木鎮衛生院為100元，旗縣級醫療機構為200元，旗級以上醫療機構為400元。報銷比例蘇木鎮衛生院為40%至60%，旗級醫療機構為30%至50%，旗級以上醫療機構報銷比例為20%至35%，重點解決農牧民患大病的經濟負擔。最高封頂線不超過2萬元。各蘇木鎮、街道合管辦要引導農牧民合理使用家庭帳戶。家庭帳戶結餘資金可以結轉到下一年度使用，但不抵頂下一年度交費。