（二）組織實施
旗合管辦要加強現場督導，隨時掌握各地實施情況，及時研究解決實施過程中出現的問題，確保合作醫療工作順利進行。
（三）總結經驗
旗合管辦要對新型農村牧區合作醫療工作情況不斷進行認真總結，要對農牧民就醫、費用報銷、定點醫療機構服務情況等進行認真的分析，每年要及時調整工作方案。旗合作醫療管理委員會要根據各地工作情況，組織召開工作會議，總結、交流工作經驗，針對存在的問題，提出解決的辦法，研究部署工作，推動新型農村牧區合作醫療工作順利進行。
五、保障措施
（一）加強領導，落實責任
新型農村牧區合作醫療工作由旗政府統一領導，實施部門分工負責。衛生部門要切實發揮職能作用，搞好調查研究，加強對定點醫療機構的監督管理，加強新型農村牧區合作醫療工作基金審核、制度建設和檢查驗收；財政部門要及時撥付資金，加強基金管理；民政部門要摸清貧困家庭底數，嚴格把關，確保把貧困救濟資金用在最需要救助的人群上；審計部門要定期對基金的財務收支情況進行審計和檢查，保證基金的安全合理使用；計畫、農牧業、藥品監督、扶貧等部門要將新型農村牧區合作醫療納入經濟社會發展規劃和本部門工作內容；代理銀行要提供支持條件，完善資金管理網路系統，確保全全運行。各蘇木鎮人民政府、街道辦事處要在加強領導、明確任務、資金保證、管理監督四個方面明確責任，保證新型農村牧區合作醫療試點工作順利實施。
（二）建立貧困家庭醫療救助基金和醫療救助制度
農村牧區貧困家庭醫療救助基金以旗為單位進行統籌、核算和管理。救助對象主要是農村牧區持有“五保證”的分散供養五保老人和集中供養五保戶、農村牧區未成年孤兒、農村牧區特困戶。救助具體辦法由旗民政局根據《內蒙古自治區農村牧區醫療救助實施細則》確定。
（三）努力改善農村牧區衛生服務條件，提高服務質量
要將新型農村牧區合作醫療工作同農村牧區衛生體制改革有機結合起來，大力推進旗、蘇木鎮、嘎查村三級農村牧區衛生服務網路的建設，改善基礎設施條件，建立健全農村牧區衛生服務體系，提高農村牧區醫療衛生隊伍素質和綜合服務能力。增加對衛生院人員工資和工作經費的投入，重點加強蘇木鎮中心衛生院的建設，改善一般衛生院基礎設施和設備條件。深化農村牧區醫療機構內部運行機制改革，引入競爭機制，增強活力。加大城市支援農村牧區衛生工作力度。加強行業作風建設，更新觀念、轉變作風，端正服務態度，提高技術水平和服務質量，使有限的資金髮揮最大的效益。
（四）強化培訓，搞好新型農村牧區合作醫療管理隊伍建設
衛生行政部門要圍繞農村牧區衛生的相關政策和新型農村牧區合作醫療的方案設計與補償測算、管理與監督、評估與調整等有關專題進行普遍培訓，進一步提高管理水平，規範運作，保證質量。
（五）加強信息化管理
旗合管辦要按照衛生部下發的《新型農村合作醫療信息系統基本規範（試行）》要求，在旗、蘇木鎮普遍使用衛生部統一的管理軟體，實現信息管理規範化。按照自治區衛生廳、財政廳聯合下發的《內蒙古自治區新型農村牧區合作醫療信息系統建設項目方案》開展信息化管理工作，實現新型農村牧區合作醫療的信息化管理。