2、農村基礎設施重建問題
在此次地震災害中，除了農村房屋損毀嚴重外，最突出的問題是農村道路、電力、通訊等基礎設施損毀嚴重，這種情況甚至對救援工作的及時展開都造成了嚴重的影響。這說明，在過去，農村基礎設施建設非常薄弱，不僅基礎設施的數量規模有限，而且十分脆弱，無法經受住像地震這樣的自然災害的考驗。因此，在災後重建中，對農村基礎設施的建設不能是簡單的設施修補和功能恢復，而應該對農村基礎設施的覆蓋範圍、設施的質量等級等進行全面評估，利用災後重建的機會，使農村的基礎設施建設的規模水平能得到較大程度的提升，從而為促進災區災後重建的全面開展，為今後農村經濟的進一步發展打下良好的基礎。
3、震後農村房屋及土地使用權問題
此次地震對農村房屋及土地使用權的影響在於：一是原有房屋或土地損毀，原宅基地或承包地遭到毀滅性破壞（如房屋或土地被土石流掩埋），不能在原地恢復房屋或承包地使用權；二是由於地震而使房屋、土地移位，一些土地消失，而另一些新生地出現，這些情況都會造成原有房屋或土地的使用權產生混亂。在成都一些已經對土地和房屋使用權進行確權登記的城鄉統籌綜合配套改革實驗區而言，這種土地使用權的混亂情況可能影響農村土地產權改革的推進。因此，在災後重建中，重新確定農村房屋及土地使用權將是一項艱巨的工作。而在一些相鄰的村舍之間，可能還存在土地所有權的歸屬爭議問題。這些問題都是農村災後重建中必須著力解決的問題。
4、農業產業恢復重建問題
土地使用權糾紛問題的解決是農業
產業恢復的前提，但是，如果僅僅滿足於在明確土地使用權基礎上對過去農村傳統種養殖業的恢復對災區重建來講則標準太低。阻礙農村經濟社會進一步發展和農民增收的主要制約因素在於過去農村單家獨戶分散的小農經濟生產方式。要實現農村經濟的發展和農民的持續增收，就必須改變分散經營的農村生產方式。因此，應該以震後農村土地使用權的重新確定為契機，為農村土地使用權的集中集約使用構建新的體制機制，通過建立新型集體經濟組織，廣泛利用社會對災區農村產業重建的資金技術等支持，通過農村土地與社會資本的結合，採取建立農村經濟合作組織、公司+農戶等多種土地生產經營方式，實現災區農村生產方式的轉變，為農村產業的恢復重建拓展廣闊的空間。
5、農村勞動力不足的問題
改革開放以來，四川一直是農村勞動力轉移的大省，災前，雖然農村中留守的多為老人、婦女和兒童，但適應於小塊土地的生產經營，農村勞動力不足的問題並不十分突出。此次震災，一方面奪去了一些農村青壯年勞動力的生命，兩一方面，繁重的災後重建工作也需要大量的農村勞動力的參與，這兩種情況可能將使災區在災後重建中出現勞動力短缺的問題。這種情況也可能會促使一些外地打工者回到家鄉參加重建，但這會對已經開始出現民工荒的一些東部地區的經濟產生影響，並且在廣東等地已經出現了一些工廠採取各種措施慰留災區籍職工的情況。在全國都在傾力支援四川災區的情況下，四川災區重建不能採取這種方式解決農村勞動力動力短缺的問題，並且出於比較利益的考慮，這種方式也是不可取的。而要解決農村災後重建勞動力短缺的問題，還必須在城鄉統籌下，通過城市對農村災後重建的大力支持，通過大力提高農村重建工作的裝備技術水平和勞動效率來實現。