6、個人、集體財產的損毀估價及補償問題
在此次地震災害的重災區，農村個人及集體財產均出現了較大程度的損失，如果不能得到及時的補償，災區的經濟社會水平將發生嚴重的倒退，農村個人及集體的經濟自我發展能力將受到極大的損害。在我國社會主義制度下，災區會得到國家以及社會各界的全力救助。但在如此大範圍、大規模的災害損失面前，採取何種救助方式對個人及集體財產進行補償仍然是一個全新的課題。由於災前個人及集體資產情況各異，且受災後一些財產證據也發生滅失，因此採取逐一的財產損失認定和補償可能會有較大困難，並且會引起較大的糾紛。我們認為，對個人與集體財產損失的補償應該採取“向前看”的原則，以恢復個人與集體的經濟發展能力為重點，為個人及集體在今後的生產生活中的財富創造和積累能力的獲得創造條件，而不能斤斤計較於災害中的過去財產的損失，即在人人均等的災害面前，應該認為個人和集體過去財產的損失是均等的，個人和集體創造未來財富的機會條件也應該是均等的。
7、無主土地及房屋的處置問題
此次強烈的地震災害，必然會在農村造成一些全家遇難的情況，會出現一些無主的土地或房屋，這些土地或房屋使用權是否可以允許同村親屬繼承（特別是對於已經確權登記的土地或房屋而言）、是否應該收歸集體，收歸集體後如何分配等問題，有可能會成為農村災後重建中的一個矛盾焦點，如果對於這些無主土地或房屋的歸屬處置不當，就有可能會在災區農村造成社會矛盾，影響災後重建工作的順利開展。解決這個問題的最終辦法還在於尊重村民的自治權利，對這些無主土地或房屋的處置應該交由村民大會討論決定。這是避免此類矛盾的根本辦法。
8、重建資金的籌集及使用效率和監管問題
四川災區的重建需要大量的資金，國家及社會各界對此給予了大量支持，目前上百億的資金已經劃撥給災區，隨著時間的推移和災後重建工作的全面開展，重建資金的數量會進一步增大。同時，社會對救災和災後重建資金的使用去向、效率等問題也是高度關注，如果不能在救災及重建資金的使用上高度透明，提高資金的使用效率，四川等災區將無法對全國人民做出交待，這也是關係到四川等災區重建資金能否具有持續性的一個重大問題。因此，必須建立起高效的救災及重建資金的使用及監管機制，確保每一分資金都能發揮其最大作用，尤其在對農村建設缺乏成熟的資金使用及監管機制的現狀下，創新農村重建資金的使用和監管機制尤為重要。
二、在科學發展觀指導下，城鄉統籌的理念和方法是化解農村災區重建各種矛盾的有效路徑
1、城鄉統籌下的“三個集中”的實踐為解決農村安居房屋建設問題提供了很好的經驗和方法
成都市從開始實行的“推進城鄉一體化，建設社會主義新農村”發展戰略的一個重要核心是推行了“三個集中”，其中，在使農民向社區集中過程中，成都市通過政府統一規劃、政府出資修建等措施，興建了一批高質量的農民集中居住住房，特別是在成都一些城區修建的農民集中居住房的質量、安全性和環保等指標甚至超過了城市中的一些商品房，這些農民集中居住房在此次地震災害中均經受住了考驗。這說明，政府對農民的集中安置對於建造農民安居房屋不僅是有效的，而且也是可行的。成都市在修建農民集中居住房方面規劃、資金籌集、修建等方面的經驗將對農村災區安居房屋的建設提供寶貴的經驗並進一步發揮作用。