（三） 依照法定程式、科學取證
嚴格依照法定程式進行證據收集。我們覺得將來在取證的執行程式上有必要注意以下幾點：一是最好由兩個人以上進行提取操作，稽查人員提取電子證據後在文書化的證據材料上籤字，並由在場的當事人同時簽字確認；二是提交有關取證過程的文字說明材料，注意電子文檔的存貯位置、檔案名稱、檔案後綴等細節；三是提取的電子證據來源必須與原始計算機和備份硬碟、軟碟的編號一致；四是要確定形成時間，注意計算機信息網路的上機時間和實際操作時間之間的差異。
常用的固定電子證據的方式不外是列印和拷貝兩種。無論採取哪種取證方式，在固定證據後，都應當現場確認，明確電子證據的收集和固定情況，包括：案由；參加檢查的人員姓名及職務；檢查時間、檢查地點及檢查順序；檢查中出現的問題及解決方法；取證方式及取證份數；參與檢查的人員簽名；提供電子證據的人員簽名。特殊情況下，如收集證據時電子檔案遭意外損毀或非法篡改、刪除的，應及時通知專業技術人員予以協助。
（四） 積極開展電子證據檢驗鑑定，提高證據法定效力
理論上電子證據通過鑑定才能成為定案的直接證據，稅務機關在辦理涉及電子證據的案件時，應及時提請法定機構對電子證據進行檢驗分析。找出電子證據與案件事實的客觀聯繫，從而確定電子證據的真實性和可信性。但是目前省內電子證據鑑定尚欠完善，該項工作開展有相當困難。
（五） 精心存檔，確保證據安全
在處理電子證據的過程中，有些案件設計金額較大，需要移送司法機關處理；有些案件處理後納稅人申請行政複議，提請行政訴訟。為保證電子證據的可信度和安全性，檢查人員要對各個步驟取得的電子證據進行歸檔，確保全全。因此取證調查時可將備份的介質打上封條，並採用安全措施進行保護。非相關人員不得對存放電子證據的計算機進行操作，相關人員調取證據時不得輕易刪除或修改與證據無關的檔案，以免引起有價值檔案的丟失。
總之查帳軟體不僅填補了稽查過程中計算機監控的空白，而且大幅度提高了稅務稽查的準確度。另一方面，作為稽查人員必須認識到，查帳軟體不是萬能的，無法解決所有問題；即使是再科學再先進的查帳軟體，要想用好用活，也要求使用人員具備較強的綜合素質，紮實的基本功是開展電腦查帳的根本前提。我局的實踐表明，積極使用查帳軟體進行計算機輔助查賬，綜合運用其他稽查方法，不失為新形勢下促稽查力度、促案件質量、促隊伍建設的一條新思路。