3.企業尚未成為自主創新的主體。
儘管我國近年來加快了各類創新體系建設步伐，但是計畫經濟體制下形成的科研、產品開發和生產系統彼此隔離、相互脫節、條塊分割、部門壟斷的狀況尚未完全消除，企業技術創新的主體地位尚未確立。在市場經濟條件下，幾乎所有的已開發國家中，企業都是科技創新的主體。一百多年來，世界上對經濟發展起決定作用的技術幾乎全部源自企業。已開發國家80％的科研工作是在大企業中完成的。在美國的全部研發經費中，企業占近70％，政府只占30％左右；全美上萬家企業擁有自己的研究與發展實驗室，其中的100家大企業的研究工作量占整個工業界的絕大部分，僱傭的300多萬科技人員，占全部科技人員的60％～70％。在日本，企業在技術引進及引進後的消化、吸收、二次研發和推廣過程中，都起著主導作用。在韓國，企業已成為技術創新的主力軍，大量的產業技術和高新技術均由企業完成，20*年企業研發投入在其國家研發總投入中的比例高達75％。②
我國技術創新人才和科研經費大都集中在高校和研究院所，企業得不到應有的人才、經費支持，尤其是得不到良好的技術創新的環境和社會認同，致使我國企業缺少研發隊伍，難以形成自主創新的能力。因此，高校和研究院所一直扮演著中國技術創新的主角，技術創新的重點也就順理成章地放在高校和研究院所，但高校和研究院所遠離市場，對企業的技術創新貢獻不大。
4.企業的自主創新環境仍然不夠完善。
目前，我國促進企業自主創新的法律體系尚未形成，技術創新政策法律的完整性、有效性和一致性有待進一步加強，缺乏有利於企業自主創新的公平的市場競爭環境亟待完善。政府在科技創新中處於主導地位的局面還沒有徹底改變，企業自主創新能力與企業經濟效益相關性不高；在技術創新系統，基礎設施和政策法律環境建設滯後，科技中介服務體系有待完善，隨著行業科研院所企業化改革，面向產業提供共性技術和服務的創新能力有所下降；在社會上尚未形成崇尚創新的文化氛圍。
三、稅收政策與企業自主創新能力的相關性分析
在完全競爭的市場經濟條件下，政府對企業自主創新發揮積極的引導和補充作用。稅收作為國家最強有力的政策工具之一，可以推動自主創新和發展。我們可以從企業和政府兩個角度出發分析稅收政策與自主創新的關係。企業多從自身盈利狀況出發考慮如何參與r&d活動，而政府更側重從社會整體考慮r&d活動水平和質量。儘管政府和企業考慮問題的角度不同，但是稅收政策可以將政府和企業的利益統一起來，營造一個雙贏的局面。
（一）從企業的角度看研發活動
對於企業而言，研發活動具有下列特徵：1.創新活動的不確定性。創新活動與其他投資活動不同，創新投入的產出是不確定的，特別是在研發活動的早期，常常會失敗，這就增加了創新活動和創新投資的風險性。2.創新活動的溢出效應。當一個企業的創新活動完成後，同一行業的其他企業往往可以進行模仿，創新結果迅速在行業內擴散，縮減了研發企業的技術領先優勢，削弱了企業創新活動的戰略意義。3.創新活動的外部性。創新活動的一個重要特徵就是企業收益和社會收益的不對稱性，企業收益往往小於社會收益，企業自主創新動力不足。
（二） 從企業的角度看稅收政策
由於創新活動的上述特徵，企業自主研發的數量必然低於社會最優水平。那么政府是如何通過稅收政策來增加企業的研發投入呢？理論界一般是利用“創新”的生產函式進行分析，“創新”生產函式是研究創新的投入（例如r&d支出或者人力資本支出）與有形產出，如專利或新產品的生命之間的關係（griliches，1984）。根據“創新”生產函式，我們可以從投入和產出兩個方面來衡量一國創新活動的水平。政府的稅收政策是否有效，就是觀察這兩個指標前後是否發生變化。我們這裡選用r&d投入作為衡量企業或其他微觀主體創新活動的指標，利用比較靜態分析m討稅收政策對於微觀主體的激勵作用，見圖2.
圖2中橫軸為某代表性廠商自主研發的r&d投入，縱軸為其他資本要素投入，包括外購高新技術產品。該代表性廠商在得到r&d稅收優惠之前，等成本線為lm，等產量線為q1，點c為該廠商利潤最大化的生產要素組合。在得到稅收優惠之後，廠商所面對的等成本線發生變化。因為稅收優惠的存在使得自主研發的投入價格下降，等成本線為ln，均衡點也從c點變為d點。我們可以看到在新的均衡點下，r&d投入從a點上升到b點，r&d支出增加。單個企業如此，在行業總體上也應當表現出企業r&d投入的增加。