（3）對鼓勵人力資本投資和激勵創新型科技人才的稅收政策支持力度較小。我國的內資企業所得稅對計稅工資扣除標準有嚴格的規定。計稅工資扣除標準的規定顯然對技術密集型產業的發展有負面影響。工資是個人能力的體現和人力資本投資的回報，因此，受教育程度較高的勞動力，其工資水平必然較高。由於技術較先進的產業（如高技術產業），其所需勞動力的受教育水平較高，因而勞動力的平均工資水平較高，相對於那些技術水平較差、勞動力平均工資也較低的產業而言，計稅工資扣除標準的規定必然使其承擔更高的所得稅稅負，不利於這些產業的發展，雖然我國目前也採取了一定措施，如對軟體開發業的工資允許全額扣除，但由於範圍較窄，作用有限。
我國現行的高新技術企業實行的優惠以企業所得稅優惠為主，缺乏必要的個人所得稅優惠。個人投資高新技術企業獲取的個人所得（如股息、利息和個人分得的利潤）沒有所得稅優惠措施。現行稅法幾乎沒有對高科技人才的稅收優惠政策，個人所得稅法僅有對省級人民政府、國務院部委以上單位以及外國組織、國際組織頒發的科學、教育、技術、文化、衛生、體育、環境保護等方面的獎金及規定的政府津貼免徵個人所得稅，而對省級以下政府及企業頒發的重大成就獎、科技進步獎徵收個人所得稅，不利於激發企業科技人員的創新精神。而且個人所得稅沒有考慮高科技人才教育投資成本大的情況，沒有實行稅前扣除的優惠，致使居民對高層次的教育投入不足。對高科技人才的創造發明、成果轉讓收益徵稅，削弱和打擊了科研工作者投身科技開發的積極性和對科技成果進行轉化的熱情。
五、完善企業自主創新稅收政策的建議
（一）正確認識政府及稅收政策在促進企業自主創新中的地位與作用
如何支持企業增強自主創新能力，還存在一些認識和操作誤區。要明確在自主創新的過程中，企業是主體，客戶是導向，市場是機制，政府是環境，院校是支撐。政府在彌補市場失靈、形成創新體系、營造創新環境上可以而且應該發揮不可替代的作用。政府通過稅收政策促進企業自主創新作用的發揮需要具備以下前置條件：
1.企業面對的應該是一個完全競爭的市場環境。只有面臨優勝劣汰的競爭市場，企業才會有自主創新的壓力和動力。要讓企業感覺到，不創新，企業產品就沒有市場，企業就難以生存。
2.嚴格的智慧財產權保護制度。稅收優惠政策對於企業而言，多為事前的一種激勵手段。而智慧財產權保護制度，則更注重對於企業研發行為事後收益的保障，為企業的r&d活動提供一個穩定的預期，減少企業研發的風險，降低研發的成本，從而在制度上激勵企業的創新活動。
3.公平的市場競爭環境和良好的有利於創新的社會文化氛圍。企業是自主創新的主體，如果企業所面對的是不公平的 爭環境，如在某些行業、領域存在高額壟斷利潤等情況，必然嚴重挫傷企業自主創新的積極性，企業自主創新激勵效果會大大減弱。同時，在全社會應當營造和形成尊重知識、尊重人才、尊重發明創造、知識致富光榮的社會文化氛圍。
（二）借鑑國際經驗，制定促進企業自主創新稅收優惠特別法
為了解決現行促進企業自主創新稅收優惠的繁雜、零散、混亂等問題，應借鑑許多已開發國家做法，制定出台一個獨立、集中的稅收優惠特別法，在全國頒布實施。稅收優惠特別法應當對國家和地方稅收優惠許可權、範圍和產業支持重點有明確規定。制定稅收優惠特別法的目的，在於提高稅收優惠法律的權威性，消除支持提高企業自主創新能力的稅收法律之間的重複和改變當前各地區自行出台多種低效率的支持提高企業自主創新能力的稅收優惠政策的混亂局面，加大稅收支持提高企業自主創新能力的巨觀調控力度。
（三）矯正稅收制度性扭曲，形成自主創新的制度性稅收激勵機制
促進企業自主創新，應從提升能力和增強動力兩個方面設計稅收激勵機制，既要解決動力不足的問題，也要解決能力不足的問題。為改變目前由於稅收制度性缺陷造成的稅收激勵不足，必須改革和完善現行稅制，形成有利於企業自主創新的制度性稅收激勵機制。
1.激發企業自主創新動力的稅收激勵政策。
（1）加大對研發前期、中期的稅收優惠力度，提高稅收優惠政策的實效。建立與分享利潤和損失相對稱的所得稅制。允許企業按照銷售收入的一定比例於稅前提取研發風險準備金；允許企業將當年投入的研發費用全部於稅前扣除；對企業用於研究開發的儀器設備，允許加速折舊；對企業新產品進入大規模投產階段，允許提取準備金，或給予一定的減免優惠；鼓勵民間資本向中小企業融資，投資於創新活動，對其取得的投資收益，給予一定的減免優惠；對企業轉讓技術和研究成果取得的收入，給予減征或免徵所得稅的優惠，以鼓勵科研成果轉化為產品，套用於生產。從稅收政策角度建立起企業科技投資的利益補償機制，消除科技創新活動在各個環節存在的潛在風險，削弱不確定性，增強其收益的確定性和保障性。