（2）加大對創新型人才的稅收優惠力度。改革和完善個人所得稅制，鼓勵個人發明創造、知識致富。對個人轉讓專利、發明和國際標準，以及以此投資入股取得的收益，可按一定比例、在一定期限內減征或免徵個人所得稅；對參與重大、創新項目研發取得的獎金、補貼，可視同一次性勞務收入徵收個人所得稅，而不是攤入每月工資按累進稅率徵收。完善企業所得稅制度，適當提高企業提取的職工教育經費扣除標準，鼓勵企業加強人才培養。在改革個人所得稅和取消計稅工資標準的基礎上，對高科技人員與創新項目掛鈎的收入給予一定的優惠。
2.提升企業自主創新能力的稅收激勵政策。
（1）為降低高新技術企業增值稅負擔，解決自主創新投資重複徵稅、創新能力不足的問題，必須儘快實施消費型增值稅。考慮到財政的承受能力，可先在高新技術產業實行消費型增值稅。一個可行的辦法是：分年度按比例抵扣，逐步到位。比如，第一年抵扣50%，第二年抵扣70%，第三年全額抵扣。在實現新增機器設備所含稅款全額抵扣的基礎上，對包括廠房、建築物等不動產在內的全部固定資產所含增值稅稅款進行抵扣，最終實現我國增值稅由生產型到消費型的轉變。
（2）儘早統一內外資企業所得稅法。統一實行25%左右的中等偏低稅率。對小企業應制定一個更低的稅率，比如15%左右。統一稅前扣除標準，規範稅基。稅基的確定應該適應現代企業制度和技術創新的要求，充分體現對納稅人的勞動補償、資本補償、技術補償和風險補償。加大對企業自主創新投入的所得稅前抵扣力度。統一內外資企業稅收優惠政策，凡是對外資優惠的也應當讓內資企業同等享受，並形成以產業優惠為主、區域優惠為輔的稅收優惠政策新格局。所得稅優惠應主要體現對自主創新的扶持和對智慧財產權的保護。優惠對象應以對項目、產品和產業為主，而不是以企業和區域（如人為劃分高新技術產業區內、區外企業）為主；優惠形式應更多的採取延期納稅、加速折舊、投資抵免、費用加計扣除等間接優惠方式，儘量減少使用減免稅額、降低稅率等直接優惠方式。建立嚴格、統一、規範的資格認定標準和程式，加強對稅收優惠政策的檢查、追蹤和反饋，嚴把稅收優惠政策關，減少稅收流失，確保政策意圖實現。
（四）相關配套措施建議
1.恢復徵收固定資產投資方向調節稅。目前稅制改革難以較快地推進有多方面因素的制約，其中一個重要因素是稅制改革可能在短期內減少財政收入。實際上在中國目前經濟處於高增長時期，財政收支矛盾得到明顯緩解，應該是實施稅制改革的比較理想的時期。為降低上述改革措施引起的減收因素影響，在目前巨觀經濟領域局部過熱的情況下，可以考慮恢復徵收固定資產投資方向調節稅。
2.加大提高企業自主創新能力的財政投入支持。大幅度增加科技投入，確保財政科技投入的穩定增長；在財政投入規模加大的基礎上，最佳化財政科技投入結構，財政科技投入重點支持基礎研究、社會公益研究和前沿技術研究；發揮財政資金對企業自主創新的激勵作用，引導和支持大型骨幹企業開展競爭前的戰略性關鍵技術和重大裝備的研究開發，建立具有國際先進水平的技術創新平台，加大對科技型中小企業技術創新基金等的投入力度，鼓勵中小企業自主創新。
3.加大支持提高企業的自主創新能力的金融支持。加強政策性金融對自主創新的支持，加大對高新技術產業化項目的信貸支持力度。引導商業金融支持自主創新，政府利用基金、貼息、擔保等方式，引導各類商業金融機構支持企業自主創新與產業化。改善對中小企業科技創新的金融服務。加快發展創業風險投資事業。建立支持自主創新的多層次資本市場。支持開展對高新技術企業的保險服務。完善高新技術企業的外匯管理政策。建立財政性資金採購自主創新產品制度。改進政府採購評審方法，給予自主創新產品優先待遇。建立激勵自主創新的政府採購和訂購制度。建立本國貨物認定製度和購買外國產品審核制度。發揮國防採購扶持自主創新的作用。
4.進一步改革科技管理體制。加強對政府科技經費使用的管理，杜絕低水平的重複研究和政績工程型的科技項目，將財政科技經費向真正的自主創新活動聚集。加強對技術引進和消化吸收再創新的管理。鼓勵引進國外先進技術，定期調整鼓勵引進技術目錄。限制盲目、重複引進。對企業消化吸收再創新給予政策支持。支持產學研聯合開展消化吸收和再創新。
5.創造和保護智慧財產權。掌握關鍵技術和重要產品的自主智慧財產權，國家科技計畫和建設投資應當對列入關鍵技術和重要產品目錄的技術和產品的研製予以重點支持。積極參與制定國際標準，推動形成以我為主的技術標準。切實保護智慧財產權，建立健全智慧財產權保護體系，加大保護智慧財產權的執法力度，營造尊重和保護智慧財產權的法治環境。縮短發明專利審查周期。加強技術性貿易措施體系建設。