四、把農村集體土地所有權確認到每個具有所有權的農民集體
確定農村集體土地所有權主體遵循“主體平等”和“村民自治”的原則，按照鄉(鎮)、村和村民小組農民集體三類所有權主體，將農村集體土地所有權確認到每個具有所有權的農民集體。凡是村民小組(原生產隊)土地權屬界線存在的，土地應確認給村民小組農民集體所有，發證到村民小組農民集體;對於村民小組(原生產隊)土地權屬界線不存在、並得到絕大多數村民認可的，應本著尊重歷史、承認現實的原則，對這部分土地承認現狀，明確由村農民集體所有;屬於鄉(鎮)農民集體所有的，土地所有權應依法確認給鄉(鎮)農民集體。
屬於村民小組集體所有的土地應當由其集體經濟組織或村民小組依法申請登記並持有土地權利證書。對於村民小組組織機構不健全的，可以由村民委員會代為申請登記、保管土地權利證書。
涉及依法“合村並組”的，“合村並組”后土地所有權主體保持不變的，所有權仍然確權給原農民集體;“合村並組”后土地所有權主體發生變化、並得到絕大多數村民認可的，履行集體土地所有權變更的法定程式後，按照變化後的主體確定集體土地所有權，並在土地登記簿和土地證書上備註各原農民集體的土地面積。
涉及依法開展城鄉建設用地增減掛鈎試點和農村土地整治的，原則上應維持原有土地權屬不變;依法調整土地的，按照調整協定確定集體土地權利歸屬，並依法及時辦理土地變更登記手續。
對於“撤村建居”後，未徵收的原集體土地，只調查統計，不登記發證。調查統計時在新建單位名稱後載明原農民集體名稱。
在土地登記簿的“權利人”和土地證書的“土地所有權人”一欄，集體土地所有權主體按“хх組(村、鄉)農民集體”填寫。
五、依法明確農村集體土地所有權主體代表
屬於村農民集體所有的，由村集體經濟組織或者村民委員會受本農民集體成員的委託行使所有權;分別屬於村內兩個以上農民集體所有的，由村內各該集體經濟組織或者村民小組代表集體行使所有權;屬於鄉鎮農民集體所有的，由鄉鎮集體經濟組織代表集體行使所有權;沒有鄉(鎮)農民集體經濟組織的，鄉(鎮)集體土地所有權由鄉(鎮)政府代管。在辦理土地確權登記手續時，由農民集體所有權主體代表申請辦理。
集體經濟組織的具體要求和形式，可以由各省(區、市)根據本地有關規定和實際情況依法確定。
六、嚴格規範確認宅基地使用權主體
宅基地使用權應該按照當地省級人民政府規定的面積標準，依法確認給本農民集體成員。非本農民集體的農民，因地質災害防治、新農村建設、移民安置等集中遷建，在符合當地規劃的前提下，經本農民集體大多數成員同意並經有權機關批准異地建房的，可按規定確權登記發證。已擁有一處宅基地的本農民集體成員、非本農民集體成員的農村或城鎮居民，因繼承房屋占用農村宅基地的，可按規定登記發證，在《集體土地使用證》記事欄應註記“該權利人為本農民集體原成員住宅的合法繼承人”。非農業戶口居民(含華僑)原在農村合法取得的宅基地及房屋，房屋產權沒有變化的，經該農民集體出具證明並公告無異議的，可依法辦理土地登記，在《集體土地使用證》記事欄應註記“該權利人為非本農民集體成員”。