對於沒有權屬來源證明的宅基地，應當查明土地歷史使用情況和現狀，由村委會出具證明並公告30天無異議，經鄉(鎮)人民政府審核，報縣級人民政府審定，屬於合法使用的，確定宅基地使用權。
七、按照不同的歷史階段對超面積的宅基地進行確權登記發證
1982年《村鎮建房用地管理條例》實施前，農村村民建房占用的宅基地，在《村鎮建房用地管理條例》實施後至今未擴大用地面積的，可以按現有實際使用面積進行確權登記;1982年《村鎮建房用地管理條例》實施起至1987年《土地管理法》實施時止，農村村民建房占用的宅基地，超過當地規定的面積標準的，超過部分按當時國家和地方有關規定處理後，可以按實際使用面積進行確權登記;1987年《土地管理法》實施後，農村村民建房占用的宅基地，超過當地規定的面積標準的，按照實際批准面積進行確權登記。其面積超過各地規定標準的，可在土地登記簿和土地權利證書記事欄內註明超過標準的面積，待以後分戶建房或現有房屋拆遷、改建、翻建、政府依法實施規劃重新建設時，按有關規定作出處理，並按照各地規定的面積標準重新進行確權登記。
八、認真做好集體建設用地的確權登記發證工作
村委會辦公室、醫療教育衛生等公益事業和公共設施用地、鄉鎮企業用地及其他經依法批准用於非住宅建設的集體土地，應當依法進行確權登記發證，確認集體建設用地使用權。將集體土地使用權依法確認到每個權利主體。凡依法使用集體建設用地的單位或個人應申請確權登記。
對於沒有權屬來源證明的集體建設用地，應查明土地歷史使用情況和現狀，認定合法使用的，由村委會出具證明並公告30天無異議的，經鄉(鎮)人民政府審核，報縣級人民政府審批，確權登記發證。
九、妥善處理農村違法宅基地和集體建設用地問題
違法宅基地和集體建設用地必須依法依規處理後方可登記。對於違法宅基地和集體建設用地，應當查明土地歷史使用情況和現狀，對符合土地利用總體規劃與村鎮規劃以及有關用地政策的，依法補辦用地批准手續後，進行登記發證。
十、嚴格規範農村集體土地確權登記發證行為
結合全國土地登記規範化檢查工作，全面加強土地登記規範化建設。嚴格禁止搞虛假土地登記，嚴格禁止對違法用地未經依法處理就登記發證。對於借戶籍管理制度改革或者擅自通過“村改居”等方式非經法定徵收程式將農民集體所有土地轉為國有土地、農村集體經濟組織非法出讓或出租集體土地用於非農業建設、城鎮居民在農村購置宅基地、農民住宅或“小產權房”等違法用地，不得登記發證。對於不依法依規進行土地確權登記發證或登記不規範造成嚴重後果的，嚴肅追究有關人員責任。
十一、加強土地權屬爭議調處
各地要從機構建設、隊伍建設、經費保障、規範程式等各方面，切實採取有力措施，建立健全土地權屬爭議調處機制，妥善處理農村集體土地權屬爭議。
十二、規範完善已有土地登記資料
嚴格按照有關法律、法規和政策規定，全面核查整理和完善已有土地登記資料。凡是已經登記發證的宗地缺失資料以及不規範的，儘快補正完善;對於發現登記錯誤的，及時予以更正。各地要做好農村集體土地登記資料的收集整理工作，保證登記資料的全面、完整和規範。各地要進一步建立健全有關制度和標準，統一規範管理土地登記資料。