鄧琬，字元琬，豫章南昌人也。高祖混，曾祖玄，並為晉尚書吏部郎。祖潛之，鎮南長史。父胤之，世祖征虜長史，吏部郎，彭城王義康大將軍長史、豫章太守，光祿勛。琬初為州西曹主簿，南譙王義宣征北行參軍，轉參軍事，又隨府轉車騎參軍，仍轉府主簿，江州治中從事史。世祖起義，版琬為輔國將軍、南海太守，率軍伐蕭簡於廣州，攻圍逾年，乃克。以臧質反，為江州刺史宗愨所執，值赦原。琬弟璩，與臧質同逆，質敗從誅；琬弟環亦坐誅。琬在遠，又有功，免死遠徙，仍停廣州。久之，得還，除給事中，尚書庫部郎，都水使者，丹陽丞，本州大中正。大明七年，車駕幸歷陽，追思在藩之舊，下詔曰："故光祿勛、前征虜長史鄧胤之體局沈隱，累任著績。朕昔當藩重，首先佐務，心力款盡，弗忘於懷。往歲息璩凶悖，自取誅翦，沿恩及琬，特免釁戮。今可擢為給事黃門侍郎，以旌胤之宿誠。"
明年，出為晉安王子勛鎮軍長史、尋陽內史，行江州事。前廢帝狂悖無道，以太祖、世祖並第數居三以登極位，子勛次第既同，深構嫌隙，因何邁之謀，乃遣使齎藥賜子勛死。使至，子勛典簽謝道遇、齋帥潘欣之、侍書褚靈嗣等馳以告琬，泣涕請計。琬曰："身南土寒士，蒙先殊恩，以愛子見托，豈得惜門戶百口，其當以死報效。幼主昏暴，社稷危殆，雖曰天子，事猶獨夫。今便指率文武，直造京邑，與群公卿士，廢昏立明。"景和元年十一月十九日，稱子勛教，即日戒嚴。子勛戎服出聽事，集僚佐，使潘欣之口宣旨曰："少主昏狂悖戾，並是諸君所見聞。顧命重臣，悉皆誅戮。驅逼王公，幽辱太后。不逞之徒，共成其釁。京師諸王，並見囚逼，委厄虎口，思奮莫因。身義兼家國，豈可坐視橫流！今便欲舉九江之眾，馳檄近遠，以謀王室。於諸君何如？"四座未答，錄事參軍陶亮曰："少主昏狂，醜毒已積。伊、霍行之於古，殿下當之於今。鄙州士子，世習忠節，況屬千載之會，請效死前驅。"眾並奉旨。文武普進位一階。轉亮為諮議參軍事，領中兵，加寧朔將軍，總統軍事。功曹張沈為諮議參軍，統作舟艦。參軍事顧昭之、沈伯玉、荀道林等參管書記。南陽太守沈懷寶、岷山太守薛常寶之郡，始至尋陽，與新蔡太守韋希直並為諮議參軍，領中兵，及彭澤令陳紹宗並為將帥。
初，廢帝使荊州錄送前軍長史、荊州行事張悅下至盆口，琬稱子勛命，釋其桎梏，迎以所乘之車，以為司馬，加征虜將軍。加琬冠軍將軍，二人共掌內外眾事。遣將軍俞伯奇率五百人出斷大雷，禁絕商旅，及公私使命。遣使上諸郡民丁，收斂器械。十日之內，得甲士五千人，出頓大雷，於兩岸築壘。巴東、建平二郡太守孫沖之之郡，始至孤石，琬以沖之為子勛諮議參軍，領中兵，加輔國將軍，與陶亮並統前軍。使記室參軍荀道林造檄文，馳告遠近。
會太宗定亂，進子勛號車騎將軍、開府儀同三司。令書至，諸佐吏並喜，造琬曰："暴亂既除，殿下又開黃閣，實為公私大慶。"琬以子勛次第居三，又以尋陽起事，有符世祖，理必萬克。乃取令書投地曰："殿下當開端門，黃閣是吾徒事耳！"眾並駭愕。琬與陶亮等繕治器甲，徵兵四方。郢州刺史安陸王子綏、荊州刺史臨海王子頊、會稽太守尋陽王子房、雍州刺史袁顗、梁州刺史柳元怙、益州刺史蕭惠開、廣州刺史袁曇遠、徐州刺史薛安都、青州刺史沈文秀、冀州刺史崔道固、湘州行事何慧文、吳郡太守顧琛、吳興太守王曇生、晉陵太守袁標、義興太守劉延熙並同叛逆。
先是，廢帝以邵陵王子元為冠軍將軍、湘州刺史，中兵參軍沈仲玉為道路行事。至鵲頭，聞尋陽兵起，停住，白太宗進止之宜。太宗以子勛起兵，本在幼主，雖疑其不即解甲，不欲先彰同異，敕令進道。信未報，琬聞子元停鵲頭不進，遣數百人劫迎之。乃建牙於桑尾，傳檄京師曰：
陽六數艱，雲雷相襲。高皇受歷，時乘雲轡，頓於促路。文祖定祥，系昭睿化，翦於中年。二凶縱禍，三綱理滅，宗王俯首，姑息逆朝，枕戈無聞，偷榮有秩。孝武皇帝釋位泣血，糾義入討，投袂戎首，親戮鯨鯢，九服還輝，兩儀更造。而穹旻不惠，棄離萬國，皇運重替，嗣王荒淫。孤以不才，任居藩長，大懼宗稷，殲覆待日。故招徒楚郢，飛檄京甸，志遵前典，黜幽陟明，庶七廟復安，海昏有紹。豈圖宋未悔禍，弒亂奄臻，遂矯害明茂，篡竊天寶，反道效尤，蔑我皇德，乾我昭穆，寡我兄弟，恣鴟鴞之心，蹈倫、穎之志，覆移鼎祚，誣罔天人。藐孤同氣，猶有十三，聖靈何辜，而當乏饗。
昔隆周弛御，晉、鄭是依；盛漢中陵，居、章抗節。支苗輕屬，猶或忘驅，況孤忝惟臣子，情地兼切，號感一隅，心與事痛。是用飲血衽金，誓復宗祀。今遣輔國將軍諮議領中直兵孫沖之、龍驤將軍陳紹宗，率螭虎之士，組甲二萬，沿流電發，逕取白下。龍驤將軍領中直兵薛常寶、建威將軍領中直兵沈懷寶，長戟萬刃，羽騎千群，徑出南州，直造朱雀。寧朔將軍諮議領中直兵陶亮、龍驤將軍焦度，總中黃之旅，梟雄三萬，風掩江介，雲臨石頭。建威將軍張冽，龍驤將軍何休明，提育、獲之徒，勁悍之卒，邪趨金陵，北指閶闔。龍驤將軍張系伯、龍驤將軍陳慶，勒輕銳五千，強弩一萬，飛鋒班瀆，齊會西明。冠軍將軍、尋陽內史鄧琬，撮湘、雍之兵，勇敢四萬，授律總威，飆集京邑。征虜將軍領府司馬張悅，蒼兕千艘，水軍五萬，大董群校，絡繹繼道。冠軍將軍豫章內史劉衍、寧朔將軍武昌太守劉弼、寧朔將軍西陽太守謝稚、建威將軍領中直兵晉熙太守閻湛之，皆掃境勝兵，薦誠請效。後將軍、郢州刺史安陸王子綏懷恩纏慕，鞠旅先辰。冠軍將軍、湘州刺史邵陵王子元席颿陵波，整眾遄至。前將軍、荊州刺史臨海王子頊練甲陝西，獻徒萬數。輔國將軍、冠軍長史、長沙內史何惠文，見拔先皇，誠深投袂。冠軍將軍、雍州刺史袁顗，不謀同契，雷發漢南。建武將軍、順陽太守劉道憲，懷忠抱慨，不遠三千。梁、益、青、徐、兗、豫、吳、會，皆密介歸誠，誓為表里。孤親總烝徒，十有餘萬，白羽咽川，霜鋒照野，金聲振谷，鳴鼙聒天。凡諸將帥，皆忠無匿情，智無遺計，果乾剛鷙，譎略多奇。水陸長驅，數道並進，發舟逾險，背水爭先。以此眾戰，孰能斯御，推此義銳，滄海可垔。諸君或荷寵前朝，感恩舊日；或弈世貞淳，見危授命。而逼迫寇手，效節莫由。今大軍密邇，形援已接，見幾而作，豈俟終日！便宜轉禍趣福，因變立功。夫旦、奭與三監並時，金、霍與上官共主，邪正粈雜，何世無之！但績亮則名播，奸騁則道消耳。紀季入齊，陳平歸漢，身尊譽遠，明誓是裒，成范全規，殷監匪遠。若玩咎惟休，告舍罔悟，則誅及五族，有殄無遺。軍科爵賞，信如皦日，巫山既燎，芝艾共煙，幸遵良塗，無守毀轍。檄到宣告，鹹使聞知。