三焦為六腑之一。有些學者認為其在臟腑中最大，又與五臟沒有直接的陰陽表里聯繫，故又稱之為“孤府”。三焦，是中醫藏象學說中的一個特有名稱，對其所在部位和具體形態，在中醫學術上頗多爭議，直至現代，亦未取得統一認識。這裡僅就具有代表性的幾種觀點，簡介一下。
一是有名無形說。
二是有名有形說。
現代比較一致的看法是，首先認為三焦為六腑之一，是有形質可見的。因為中醫的藏象學說是建立在古代解剖學基礎之上的，沒有形質而只有其功能的說法是難以成立的。
關於三焦的具體部位與形態，一般認為包括上、中、下三部。
雖然中醫對三焦的形態和部位有很多爭議，但對其生理功能的認識卻是一致的。概括起來，有如下幾方面。
1. 主持諸氣，總司全身的氣機和氣化
所謂“諸氣”，是指全身各種各樣的氣。如臟腑經絡之氣、營衛之氣等。氣機，泛指氣的升降出入運動。氣化，是指精、氣、血、津液之間的相互生化。因三焦是氣的升降出入運動的通路，也是人體各種物質相互化生的場所，所以能總司全身的氣機和氣化。
三焦之所以能有如此重要的作用，主要是本身通行人的元氣。
元氣是通過三焦才得以布達全身的。故《難經·三十八難》說三焦“有原氣之別焉，主持諸氣”。《難經·六十六難》亦說：“三焦者，原氣之別使也，主通行三氣，經歷五臟六腑。”綜上所述，三焦是人體之氣升降出入的道路，人體之氣，是通過三焦而布散於五臟六腑，充沛於周身的。
2. 為水液運行的道路
三焦具有疏通水道、運行水液的生理功能，是水液升降出入的通路。人體的津液代謝，是由肺、脾、腎、膀胱等臟腑的協同作用而完成的，但必須以三焦為通路，津液代謝才得以正常運行。如果三焦氣化功能失常，水道不暢，必然會引起津液代謝失常，出現尿少、痰飲、水腫等病理變化。
三焦的以上兩個方面的生理功能，是相互關聯的。這是因為水液的運化要依賴於氣的升降出入運動；而人體的氣也只能依附於津液與血才得以正常運行。氣血津液的運行、代謝，又均以三焦作為通路的，故《素問·靈蘭秘典論》說：“三焦者，決瀆之官，水道出焉。”因為三焦還有運行水谷的生理功能，故《難經·三十一難》說：“三焦者，水谷之道路也。”
3. 上、中、下三焦的生理特點
(1)上焦：《靈樞·營衛生會》說：“上焦出於胃上口，並咽以上，貫膈而布胸中……。”所以上焦包括膈以上的心肺兩髒及頭面部。
關於上焦的生理特點，《靈樞·營衛生會》概括為“上焦如霧”。
(2)中焦：《靈樞·營衛生會》認為中焦是指整個胃，現一般認為中焦是指膈以下，臍以上的部位，其所屬臟腑，從解剖部位看，包括脾、胃、肝、膽等臟腑，但亦有醫家將肝歸屬於下焦。
中焦的生理特點，《靈樞·營衛生會》概括為“中焦如漚”。
(3)下焦：《靈樞·營衛生會》說：“下焦者，別迴腸，注入膀胱而滲入焉。”現一般認為臍以下部位為下焦，包括腎、大腸、小腸、膀胱等，亦有人將肝歸為下焦。
下焦的生理特點，《靈樞·營衛生會》概括為“下焦如瀆”。後世醫家，將肝腎精血、命門原氣等都歸屬於下焦，因此擴大了下焦的生理功能。