生物鹼的分類方法主要有3種，按植物來源、生源途徑和基本母核的結構類型分類。
按基本母核類型分類：
一、吡啶類生物鹼
（一）簡單吡啶類 此類生物鹼結構簡單，很多呈液態。
代表化合物物有：檳榔鹼，醫，學教育網原創檳榔次鹼，菸鹼。
（二）雙稠哌啶類 代表物有：苦參鹼
二、莨菪烷類生物鹼
此類生物鹼由莨菪烷衍生的氨基醇和不同有機酸縮合成酯。代表物有：莨菪鹼、醫學教、育網原創古柯鹼等。
三、異喹啉類生物鹼
（一）簡單異喹啉類
（二）苄基異喹啉類
1.1-苄基異喹啉類 代表物有：罌粟鹼、厚朴鹼
2.雙苄基異喹啉類 代表物有：漢防已鹼
3.原小檗鹼類 代表物有：小檗鹼、延胡索乙素
4.嗎啡烷類 代表物有：嗎啡、可待因
四、吲哚類生物鹼
代表物有：吳茱萸鹼、馬錢子鹼、士的寧、長春鹼、長春新鹼、利血平。
五、有機胺類生物鹼
代表物有：麻黃鹼、秋水仙鹼、益母草鹼