同時，在《村民委員會組織法》實施過程中，本文來自由於認識和工作不到位，也出現了一些新的不容忽視的問題，有些問題還比較嚴重，需要我們認真對待。
第一，村委會直選出現了一些帶有傾向性的問題。主要有兩點：一是一些地方村民自治實際異化成“村主任說了算”，造成“政令不通”。 一方面，實行村民自治，從制度上有效地改變了過去村幹部“只對上負責，不對下負責”的問題。但是也產生了一種錯誤的認識，有的村主任認為自己是村民選的，所以只向村民負責，消極對待鄉鎮一級黨委和政府布置的工作。另一方面，對村主任或村民委員會的錯誤做法，甚至違背國家法律和黨的政策的行為，缺乏有效的監督和糾正。特別是在直選中，一些素質不高的人被選進班子。個別村的選舉由於受到家族、宗族等勢力的左右，大戶、大姓當選，導致新當選的幹部素質不高，能力不強，有的作風不正，不為民辦事，有的還嚴重侵犯民眾利益。還有個別村由於某種原因，把一些違法亂紀的“強人”、“惡人”選進班子，這些村幹部上任後橫行鄉里，為所欲為，外面有些地方甚至有的村幹部成為農村黑惡勢力，有的打著為民請命、謀利的旗號，與政府對抗，強攬所在地工程，以謀取私利，嚴重影響了農村經濟的發展和社會的穩定。由於缺乏明確的監督主體和監督程式，村民難於實行有效監督，而鄉鎮一級又無力糾正，形成“政令不通”，個別地方甚至成了“無政府狀態”。拿老百姓的話來說，過去是“團長管營長，營長管連長”，現在是“團長能管住營長，營長卻管不住連長”（“團長”指區縣政府，“營長”指鄉鎮政府，“連長”指村委會）。二是一些黨的基層組織沒有學會依法辦事。我們的基層組織包括一些街道社區的黨組織沒有學會依法辦事，在選舉中從主觀願望出發，違反選民意願，帶有明顯傾向性，還是按過去行政命令的辦法來主持農村的選舉工作，使農民很反感，也給我們的工作帶來了被動。
第二，黨支部建設出現一些新的情況。主要表現有三點：一是村黨支部的作用相對受到削弱，權威性下降。村委會直選以來，大多數村委會都能自覺接受村黨支部的領導，正確行使職權。但在村民自治問題上，當前有些地方的幹部民眾仍存在一些錯誤的認識，認為“村民自治就是村委會說了算”，有的村委會幹部認為“你那個書記是三十個、五十個黨員選出來的，我這個村長是全村八百口、一千口村民選出來的，所以我這個村長真正是代表了全體村民的利益。”有的地方甚至出現了“村民選幹部，不要黨支部；支書管黨員，主任管村務”的情況，客觀上把黨員和民眾隔離開來，削弱了黨支部的領導核心作用。有的出現村委會和黨支部互不服氣，村委會不接受黨支部領導，一些重大決策不徵求黨支部意見，在一些問題處理上唱“對台戲”。二是黨員發展緩慢，黨員隊伍老化，農村黨員比例過低。一些農村只注重發展經濟，放鬆了黨的建設，對入黨積極分子培養不夠，致使農村黨員發展緩慢，黨員隊伍老化。三是受傳統的黨員發展模式限制，客觀上形成了黨支部書記對農村政治資源的壟斷，甚至在個別地方出現了黨支部家族化的現象。一些老黨員幹部思想保守，對新上來的村幹部心存疑慮，害怕其入黨後進一步搶了自己的地盤，打破自己對政治資源的壟斷，所以在黨員發展上積極性不高。上級要求他們發展黨員，他們就往往選自己的子侄，選自己家族的成員，使黨支部成了某種意義上的家族、宗族的“黨支部”。黨員隊伍老化、幹部後繼乏人、黨支部家族化，嚴重影響了農村黨組織的戰鬥力、代表性和先進性，黨的核心作用在一些地區受到削弱。