思想觀念上，有部分人對預算編制重要性認識不夠。高校的財務管理停留在“報賬式”的水平，預算工作流於形式，沒有對整個財務管理工作起到“指揮棒”的作用。 下面是淺析高等學校預算編制。
這已經遠遠不能適應當前高校發展的需要，必須提高認識，轉變觀念，把預算管理工作提高到財務管理工作的首位。編制方法上，缺乏準確的基本數據收集和科學分析。目前我國高等學校大多採用增量預算法，存在掩蓋上一年度的各種不合理支出的缺點，加上預算編制時間過短、預算編制過程透明度不高等原因造成了部門預算不能客觀反映學校財務收支全貌和體現學校的工作重點和發展方向。部門配合上，存在部門預算與單位預算脫節現象。預算沒有得到應有的重視，校內各部門認為預算是由財務部門編制和控制的，以致編制預算時各部門的原始信息和數據難以蒐集，只能靠經驗加往年數據資料粗略地推算，造成有些預算項目存在年初有預算而年內卻無支出，預算執行過程中還出現不斷追加支出項目。資金使用上，不嚴格按照編制的預算安排使用執行。有些領導往往從自己分管部門事務出發，不按部門預算使用經費，隨意批經費，很少顧及校內其他部門，使部門預算喪失了約束力。
收入預算，高校按照財政撥款、上級補助收入、事業收入、附屬單位繳款和其他收入等項目編制。其中，財政撥款的編制依據是學生人數和撥款定額;上級補助收入的編制依據是往年補助收入數;事業收入包括教育事業收入和科研事業收入，教育事業收入的編制依據是學生人數和收費標準，科研事業收入的編制依據是根據往年收入的測算數;附屬單位繳款的編制依據是附屬單位上報的計畫上繳數;其他收入的編制依據是往年收入的測算數。項目支出預算，高校按照教育部下達的項目編制，該項目是教育部事先通過教育部各口申報審核經過專家論證最後確定的項目，學校按照教育部批覆的項目任務書的要求來執行預算。對個別項目預算的調整，學校按照規定的程式上報教育部，教育部以檔案形式下達預算調整項目及金額。
高校在預算執行過程中，按照教育部要求按時申報基本支出和項目支出計畫，基本支出經費在每年7月份基本撥付到位，項目支出經費根據財政部撥款計畫按月撥付給學校。學校在執行預算過程中做到基本支出預算按月、季度下達，項目支出預算按照教育部到款一次性下達。