與財務會計並列為會計學科的兩大領域，自然與財務會計有所區分。本文綜合國內外學者的研究得出管理會計與財務會計主要有以下區別。
(1)職能與目的不同。財務會計主要是通過向投資者、債權人、證券機構、政府機構以及其他利益相關者提供關於企業過去某一時點財務狀況及過去某一段經營期間的經營成果、現金流量等財務信息，即側重於核算與監督職能，屬於反映過去的對外報告會計。而管理會計則是面向未來的，向企業內部相關人員提供財務及非財務信息，以便於其對企業經營策略作出預測和決策，並提供相應考核和績效評價體系，最終提升企業整體或部分經營效率。管理會計側重於控制考核及預測決策，是對內經營管理型會計。
(2)遵循的原則和標準不同。財務會計必須依照國家或行業的會計法規、會計準則及制度，按照特定的程式(從原始憑證的取得、記賬憑證、賬簿到財務報告，每一步都要嚴格遵循相關會計法規與準則，期間會計科目的使用、記賬單位的選擇、會計期間及各種計量核算方法的使用等等所有活動都要符合會計準則與制度)，最後得出相對統一規範的對外財務報告。
管理會計基於其對內性，不受強制性的會計法規、企業會計準則及相關制度的嚴格約束，它只服從於企業管理人員的經營管理需要，受巨觀經濟法規、及管理所採用的方法理論制約，一切以改善管理，提升經營效率為準繩。它不拘泥於固定的理論、方法，也不規定統一的報告格式與標準，管理者可以根據企業自身情況調整，靈活性較大。
(3)核算主體與工作方法不同。財務會計的目的是要反映企業整體的財務狀況、經營成果及現金流量，通常不需細分企業各部門各單位而是以整個企業為會計主體進行核算。計量單位主要是以貨幣為單位，運用一般的加減乘除等基本的算術方法及現代的office等基本財務軟體就可滿足會計核算。
管理會計為了反映企業整體及內部各責任單位的經營狀況，所以其核算主體一般按責任單位進行細分，進而滿足企業進行預測與經營決策之前的財務與非財務方面的分析。介於管理會計的未來性，及所涵蓋信息的廣泛性，以及度量尺度的多樣性(貨幣、產量、時間、成長性等量度)，在進行信息處理時需要用到更多複雜的現代數學方法，結合統計學、經濟學、運籌學等相關學科運用計算機處理技術，得出對經營決策有用的結果。
(4)信息精確程度不同。管理會計是面向未來的，影響未來期間經濟活動的不確定因素較多，加上對信息及時性、廣泛性的要求，決定管理會計所提供的信息做不到絕對精確，只能相對精確;而財務會計是反映過去已發生的財務信息，又以貨幣計量，因此其提供的信息應力求精確，數字必須平衡。
另外，由於管理會計與財務會計本質及職能、目的等的不同，其各自對相應會計人員的所具備素所要求、工作的靈活性與主觀能動性、服務對象、計量期間等均有所不同。