惠安成分析，村幹部不同於公務員，不同於企事業單位領導，又不同於個體私營企業主，到底由哪個部門來管？是組織部門還是人事部門？還是民政部門？目前，許多村書記和村委會主任是“一肩挑”。在農村，工作方法往往是家長制，一個人或少數人說了算，這是村幹部不能廉潔自律，走向犯罪的一個重要原因。
民政部基層政權和社區建設司農村處調研員韓全永認為，對於村幹部，當前有關部門是按職能分工各管一段，缺乏協調機制。組織部門管黨建，民政部門管選舉，農委（農經）管集體資產和離任審計，違法違紀歸紀檢監察部門，刑事案件歸公安，連村幹部的基本情況和統計數據也要幾個部門相互來湊。
其次，由於政務繁忙，人手不足，各部門對村幹部違法違紀問題，基本上持“民不舉，官不究”的態度。
以遼寧省撫順市為例，該市基
層農業經管站的編制一般只有兩個人，平時應付各種報表都很緊張，兼顧村幹部的審計工作，就更吃力，遇上年度村委會集中換屆（離任）審計，三縣四區580個村，2140多個村幹部，根本審計不過來。
從對兩省的調研情況來看，鄉鎮 一級，對村幹部監管則持“三不”態度，即“不能管，不敢管，不願管”。
有的鄉幹部反映，按照法律規定，鄉鎮與村委會是指導關係，不是領導關係，政府不能對村幹部進行監管。
有的鄉鎮領導說，很多村幹部是鄉鎮的人大代表，鄉鎮幹部要接受人大監督，管多了對自己不利，在監督上有顧慮。
在調研中，許多村民反映，村幹部的違紀違法問題查處難度大，主要是人情干擾。有的鄉鎮幹部與村幹部有利害關係，鄉里領導不但不願管，有的甚至還會去四處說情包庇。
湖南省常德市一位人大代表說，大多數村幹部違紀違法的背後往往都有著錯綜複雜的背景，包含著權力之爭和利益關係。一些民眾意見大、媒體曝過光、長年久拖不決的村幹部違法違紀問題，往往都和少數地方政府領導的袒護有關。這造成了有些村幹部違紀問題自恃“後台硬”不怕查。
“5％的村尚未實行村務公開”的背後
湖南省民政部門提供的數字表明，截至目前，湖南省有5％的村未實行村務公開。“村幹部違紀違法問題的背景和成因十分複雜，這與村裡的民主氛圍、村務公開透明的程度密切相關。”中組部組織局三處幹部魯曉東說。
在一些經濟發達地區，儘管取消了“三提五統”，但村級的支配權仍然很大。許多村的大小經濟實體都由村里直接或間接支配，村幹部可支配財力相當可觀。
在經濟不發達地區，由於近年來國家巨觀調控向農村傾斜，政府糧食直補等轉移支付款和土地等各種補償金均數額較大，一些政策明文規定由村級集體負責分配。“招待費是個筐，什麼都能往裡裝”，遼寧省有一個村子叫康樂村，該村原村主任光招待費平均每天289元。村級財政管理的混亂，使得村民自治流於形式。
過去基層政府主要精力放在抓民主選舉上，對村務公開、民主管理，許多地方目前還處於制定方案和試點階段。
同時，村務公開也缺乏具體的操作規範。在調研中基層幹部反映，現在，上級對村務公開只規定了一些原則，沒有具體明確的制度規範，不便於操作和監督。
調研組進村看到的事實是，各村對於村務公開，什麼做法都有，彈性較大。有的村財務只按會計科目公開，民眾看不到每筆開支，難以發現漏洞。很多地方對幹部的財務審批許可權沒有規定，有的村幹部自行對村支書、理財小組和村民代表會議的審批額度分別劃槓槓。