隨著司法改革的進程不斷深入，司法觀念有了重大的變化，從把打擊犯罪作為刑事司法制度的基本價值定位的一元片面的價值觀轉向加強對犯罪嫌疑人和被告人權利的保護的多元平衡的價值觀，從偏重實體的公正觀轉向重視程式的公正觀，從偵查中心的司法觀轉向審判中心的司法觀，從查明事實的辦案觀轉向證明事實的辦案觀，從偏重證明力的自然證據觀轉向強調可采
性的社會證據觀。上述這些轉變必然帶來刑事訴訟過程中的一些變化，因此在司法實踐中下列一些問題需要解決。
一、證據採信問題
1、非法證據的排除問題
所謂違法證據就是以暴力、脅迫、利誘、欺詐、違法羈押等不正當方法取得被告人供述、被害人陳述、證人證言等言詞證據和以違反法定程式的方法取得實物證據。所謂違法證據排除，主要是指在刑事訴訟中應當排除上述那些通過非法途徑獲取的證據。
現代任何國家的刑事訴訟法都禁止以違反法律的方式獲取證據，然而對非法獲得的證據能否獲得證據能力，成為定案根據，卻既有共識，又有不同的意見和相異的處置。
美國是實行非法物證排除規則的主要國家。它通過一系列判例確定通過違法的、無根據的搜查和沒收所獲得的證據，以及通過違法收集的證據發現、收集的證據(派生證據)均應排除。
英國、德國和法國等西方國家與美國的態度有區別，這些國家並不一般地排斥違法取得的物證。而是注意違法的嚴重程度以及排除違法證據對國家利益的損害程度，進行利益權衡，同時賦予法官一定程度的對於證據取捨的自由裁量權。
在我國學術界存在以下幾種觀點：
第一，主張把“非法取證行為”與“非法取得的證據”相區別，對於非法取證行為，可以採取行政手段進行處理，情節惡劣後果嚴重觸犯刑法的，可以依照刑法追究刑事責任，但不能僅因手段非法而否定“客觀事實”的證據價值。
第二，主張將非法獲取的證據加以排除，認為凡是以違反訴訟程式的方法獲得的證據，即使查證屬實，也不能作為定案的根據。
第三，主張排除非法取證行為直接獲得的證據，但可以以這些證據為線索，根據這一線索依合法的程式重新取證，即允許採納所謂“毒樹上的果實”為定案的根據。
我們認為，排除非法證據規則的意義在於在刑事訴訟中遏止非法取證的行為，而非法取證行為的動機是獲取證據，只有針對這一動機消除非法取證行為的利益性，才能有效地消除非法取證行為。因此，第一和第三種觀點不能取消非法取證的動機，也就難以遏制非法取證的行為。
2、瑕疵證據的完善問題
這裡所說的瑕疵證據是指存在殘缺因素可以通過補證彌補缺陷的證據，如證明被告人身份的證據，只有其身份證而沒有其戶籍地公安機關的證明，或者價格鑑定結論的依據不充分，沒有被害人提供的物品購買發票等。身份證本身是公安機關核發給公民的證明其身份的合法有效的證件，但是現在社會上偽造身份證的情況大量存在，有些人為了違法犯罪，有些人因為年齡不到而想提前領取身份證，有些人為了一定的目的，都存在使用偽造的身份證的情況。在這種情況下，就必須對被告人的身份證做一個鑑定，認定它系公安機關核發的真實有效證件，這樣才能作為確定其身份的依據。有些盜竊案件中，犯罪嫌疑人和被害人對失竊物品的描述是一致的，但是被害人提供不出原始的購買發票，價格鑑定結論僅依據被害人陳述提供的購買時間、品種、型號等而作出，這樣的證據存在瑕疵，應當對被害人的陳述補充相應的證據，證實其陳述的真實性(如同事的證言、有關部門登記資料等)，使之形成證據鎖鏈，才能採信。對於被告人和被害人都認可，但確實無法提供鑑定詳細依據的，可以只認定其犯罪事實而不計盜竊金額。