目前法院經費收支管理實行的“收支兩條線” 的管理模式，即法院收取的訴訟費全額上繳財政，由財政統籌後，再以“業務補助經費”撥給法院。財政在統籌時，將法院上繳的訴訟費按比例分成，大部分回撥給基層法院，再將一定比例的訴訟費作為統籌基金，分配給較不發達的基層法院，這樣，在辦案經費分配上，滿足了發達地區法院的需求，又兼顧了不發達地區的法院。實行“收支兩條線”，使監督部門能夠發揮監督的作用，根除了法院在收費上存在的種種問題。但是，實行“收支兩條線”，最大的缺點就是把經費的主動權完全地交到財政部門手中，財政撥款是否及時，是否充足，會直接影響著法院的審判工作，使地方政府有條件對法院的審判工作進行干預、干擾，影響了法院司法獨立。因此，實行“收支兩條線”，雖然在目前經濟變革日新月異的時期對於把有限的資金統籌安排，改善法院的基礎建設和硬、軟體建設起到一定作用，但在不久後的將來，會成為司法改革進程的一種阻礙。
只有對“收支兩條線”進一步進行完善，在“收支”的“支”上，建立起獨立的司法預算制度，並立法給予保障，即將經費預算分為兩部分，一部分由最高法院編制全國法院系統（包括普通法院和專門法院）全年的開支預算，而這個收支預算，則建立在各個法院年初預算的基礎上，由各個法院每年所需的建設資金、人員經費組成。這部分的開支預算，在年初由最高法院交xx主管部門審核，單列入國家預算，報經全國人大批准，xx主管部門保證按預算撥款。另一部分由辦案經費構成，由於辦案經費是隨案件的多少而增減變動，屬於不可預計因素，因此這部分經費由各級法院根據實際情況逐月按需向同級財政提出，同級財政用法院上繳的訴訟費形成專項經費。專款專用，限時撥給法院使用。專款的年終結餘用於統籌，保證下一年度的經費。這樣，既有利於充分調動各個法院的工作積極性和主動性，使經費得以充足的保障，又能體現其靈活性，使資金得到最有效的利用。也只有這樣，才能建立起獨立的司法預算保障制度，才能真正實現法院司法獨立與司法公正，真正實現“法治”。