2、加劇“高考移民”，惡化資源分配
除了歧視廣大考生的平等權利，高校招生地方化的一個直接但經常被忽視的後果是加劇中國社會的資源配置失衡。在計畫經濟時代，國家重點扶持城市工業發展，形成了高度集中的資源分布格局，北京、上海等大城市成為經濟、政治、文化、教育全方位發達的中心，內地尤其是廣大農村則成為全方位資源匱乏、貧困落後的地方。雖然中國在許多方面都打破了計畫經濟的桎梏，但是計畫經濟時代形成的資源配置失衡格局仍然在起作用，而作為計畫經濟殘餘的高校招生地方化和現有的失衡格局相結合，形成了惡性循環、積重難返的困境。歷年來，京、滬等各大城市形成了高度集中的教育資源優勢，而這些省市所在的全國知名學府為本地考生降低錄取標準，極大增加了這些省市對人才和資源的吸引力，進一步加劇了國家資源分配失衡的趨勢。
高校招生地方化造成的一個獨特現象是“高考移民”。大學對各省分配的不同招生指標造成不同的錄取標準，從而自然產生了考生家庭從高標準地區向低標準地區“移民”的理性驅動。目前人們普遍關注每年招生過程中發生的“高考移民”現象，尤其是海南、陝西等錄取標準得到優惠的邊遠省份。其實最大的“移民”對象顯然還是北京、上海這些教育資源集中而本地照顧嚴重的省市，只不過這些省市對“移民”控制很嚴、要求很高，只有高學位、高職位或高投資的“人才”才可能獲得在當地落戶的指標，從而使他們的子女享受當地基礎教育和高等教育的優勢。但是這種貌似合法的控制措施只是提高了高考乃至中國小“移民”的門檻而已，而不可能消除“移民”現象的根源。各行各業的大量精英為了給子女爭取優質高等教育的機會，不安心留在當地發展，想方設法、不擇手段到京、滬等大城市工作，使這些地方的人才、物資、財富更加集中，使其它地區的各方面資源更加匱乏。
3、阻礙人才流動，擴大城鄉差別
大學招生的地方保護主義直接阻礙了全國範圍內的人才流動，並進一步擴大城鄉差別。大學招生地方化本身即意味著當地考生占了大學相當部分的名額，他們畢業後大部分又留在當地工作，不僅不利於人才流動，而且極大了增加當地的就業壓力。如今京、滬等地的絕大多數大學畢業生或研究生都選擇在大學所在地就業，一方面造成這些大城市的畢業生就業壓力極大，另一方面造成廣大急需人才的地區卻人才極度匱乏。這兩種看似矛盾的現象之所以並行不悖地共存於同一個國家，無非是因為計畫體制長期造成的地區差異，而保護地方考生的招生指標制度無疑是維持地方差異的一個重要因素。奇怪的是，不少大學竟以畢業生留在本地工作的現象作為招生地方化的理由，而不知道這種意識恰恰是地方保護主義的體現。從國家層次上考慮，中國社會和經濟的均衡發展取決於是否能從制度上保證人才在全國範圍的自由流動，而大學招生地方化顯然是人才流動的障礙。
人才流動不自由的受害者首先是農村。長期以來，在城鄉二元體制下，廣大農村已經成為沒有人願意留駐的全方位落後的地方。雖然中央近年來加大了對農村的政策傾斜力度，但是由於缺乏必要的制度支撐，人才和資源從農村流向城市的趨勢並沒有從根本上得到扭轉。大學招生地方化進一步擴大了原有的城鄉差別，重點大學的農村學生比例連年滑坡。這種現象是十分自然的，因為諸如山東、河南等農業比重大的省份考生基數也相當大，因而往往成為京、滬等地大學招生的歧視對象，農業為主的省份得到的招生指標遠低於其考生數量占全國總量的比例。再加上農村地區基礎教育不發達，農村考生在高考面前本來就處於劣勢。如果不從根本上改變招生指標制度，任由大學招生地方化發展下去，必然進一步擴大城鄉和地區差別。
4、增加高考壓力，阻礙素質教育
在大學招生過程受歧視的農業地區往往考生人數多，而地方高等教育資源不足，因而即便採取地方保護主義措施，仍然不足以滿足當地的入學需求，造成高等教育資源的供需嚴重失衡，當地考生的高考壓力巨大。在山東、河南等考生大省，高中學生起早貪黑、夜以繼日地拚命複習，放棄了文體課和節假日休息時間，影響了正常的身心和智力發展，應試教育現象極為嚴重。面臨如此巨大的競爭壓力，任何素質教育措施都無濟於事。事實上，即便北京、上海等大城市推行素質教育，而“素質教育”也正是這些大城市所在大學實行招生地方保護主義的藉口之一，但是實際上依然是應試教育盛行，孩子們和家長們在各種輔導班、補習班、奧數班之間疲於奔命。分省命題和招生地方化不僅沒有兌現素質教育的承諾，反而加劇了針對考生大省（往往也是農業大省）的歧視，至少使這些省份的應試競爭達到白熱化程度。