農村黨的基層組織是中國共產黨在農村全部工作和戰鬥力的基礎，是農村各種組織和各項工作的領導核心，擔負著直接聯繫、宣傳組織、團結農民民眾，把黨的路線方針政策落實到農村基層的重要責任。農村改革的推進、經濟的發展、社會的穩定和實現建設社會主義新農村宏偉目標，都有賴於農村基層黨組織的領導核心作用和農村黨員先鋒模範作用的的充分發揮。
農村黨的基層組織必須以馬克思列寧主義、毛澤東思想、鄧小平理論和“三個代表”重要思想為指導，貫徹黨的路線方針政策、堅持黨要管黨和從嚴治黨，努力成為團結帶領民眾建設有中國特色社會主義新農村的堅強戰鬥堡壘。（1）加強農村黨的基層組織建設，要著眼和落腳於保證廣大農村民眾為實現農村發展的宏偉目標而努力奮鬥。始終堅持以經濟建設為中心，以奔小康、建設社會主義新農村為目標，把加強農村基層組織建設與推動農村改革、發展、穩定有機結合起來。既要防止脫離經濟建設這箇中心，也要防止就經濟抓經濟、忽視基層組織建設的傾向。（3）抓住黨組織建設這個關鍵，貫徹從嚴治黨的方針，從思想上、組織上、作風上全面加強農村黨的基層組織建設，增強解決自身問題的能力，以充分發揮黨組織在帶領農民民眾實現共同富裕和共同進步中的領導核心作用。（3）把農村黨的基層組織建設作為一個系統工程，配套地抓好以黨支部為核心的村級組織建設，以強化黨支部領導班子功能為重點，同時搞好村委會、經濟合作社、團支部、婦代會、民兵等組織建設。（4）要在改革和發展中研究新情況，解決新問題。總結推廣成功的經驗，並在實踐中豐富、完善、提高，同時隨著形勢的發展，大膽探索、勇於創新，創造和積累新的經驗，不斷提高農村組織建設工作的水平。
農村黨的基層組織建設，包括鄉鎮、村兩級。1994年《中共中央關於加強農村基層組織建設的通知》明確提出了新時期加強農村基層組織建設，要努力實現“五好”的目標要求：①建設一個好領導班子，尤其要有一個好書記，能夠團結帶領民眾堅決貫徹執行黨的路線方針政策。②培養一支好隊伍，共產黨員能夠發揮先鋒模範作用，幹部能夠發揮示範帶頭作用，共青團員能夠發揮助手和後備軍作用③選準一條發展經濟的好路子，充分發揮當地優勢，加快農民脫貧致富奔小康的步伐④完善一個好的經營體制，把集體統一經營的優越性和農戶承包經營的積極性結合起來，增強經濟發展的活力。⑤健全一套好的管理制度，體現民主管理原則，保證工作有效運轉，使村級各項工作逐步走上制度化、規範化的軌道。“五好”是一個完整的目標體系。建設好領導班子，特別是選配好支部書記是關鍵；培養造就好隊伍是基礎；選準一條經濟發展的好路子是動力；健全一套好制度是保證。五個方面共同體現了“兩手抓，兩手都要硬”的要求，是一個相互聯繫、不可分割的整體。
1997年10月，在全國農村基層組織建設電視電話會議上，又明確提出了鄉鎮黨委建設“六好”的目標要求：①選配一個堅決貫徹執行黨的路線方針政策、公正廉潔、團結合作、戰鬥力強的好班子，能力強的鄉鎮黨委書記。②建設一支精幹高效、素質優良、民眾擁護的好鄉鎮幹部隊伍。③選準一條符合本地實際的發展經濟、共同致富的好路子。④建立一套行之有效的工作、管理和監督的好制度。⑤保持一種密切聯繫民眾、艱苦奮鬥、實事求是的好作風。⑥形成一個堅持兩手抓、兩手硬，促進物質文明和精神文明協調發展的好的工作格局。
農村黨的基層組織的基本工作方法直接關係到農村的方針政策的貫徹落實，決定著農村各項工作的實際效果。因此，農村黨的基層組織必須認真貫徹黨的思想路線、民眾路線和民主集中制原則。運用正確的工作方法，順利完成黨在農村的各項工作任務。堅持黨的思想路線，就是要在反映情況、安排工作、決定問題時，實事求是，一切從實際出發。要說實話、辦實事，求實效。要依據本鄉鎮、村的實際情況，制定計畫，處理問題。決不能搞虛假浮誇，不切合實際的那一套。堅持黨的民眾路線，就是要在決定本鄉鎮村的重大事情時，向民眾商量，布置工作任務要向民眾講清道理。要關心民眾疾苦，維護民眾的合法權益，切實減輕民眾負擔，增強黨組織的凝聚力和號召力。要通過黨員大會、村民會議或村民代表會議，經常地、廣泛地徵求和聽取黨內外民眾的意見，實行民主管理。要按照國家法律、法規和政策，結合本地實際，明確規定民主議事的內容，凡屬村務管理的重大事項以及農民關注的熱點、難點問題的處理，都應先召集黨員大會討論，再分別提交村民會議或村民代表會議討論，按照多數人的意見實施民主決策，堅決糾正不顧民眾意見而由幾個幹部自行其事的做法。要實行村務公開，對民眾關心的熱點問題和鄉鎮、村的重大問題，要採取適當方式定期向民眾公開。（如村里新上的經濟項目、徵用土地和宅基地審批、計畫生育指標、提留統籌方案及其他農民負擔、集體土地和經營實體的承包、救災救濟款物的發放、村幹部年度工作目標和工資獎金功績過失及其他公共事務等等）通過村務、政務公開，切實加強民主監督。貫徹黨的民主集中制，就是要求領導班子必須堅持集體領導和個人分工負責相結合的制度，建立健全民主決策程式和議事規則。凡屬重要問題，必須經過集體討論決定，不允許個人或少數人說了算。要建立健全規章制度，做到有章理事，依法辦事。要依據黨章和《中國共產黨農村基層組織工作條例》以及國家的有關法律法規規範各項工作，規範黨員、幹部的行為。在村一級建立健全村民會議、村民代表會議等制度；村黨支部、村民委員會年終總結報告制度；財務管理、審計制度；村務公開、監督制度等等。各項制度建立以後，要認真抓緊落實，嚴格按照制度辦事。要充分發揮農村黨員的先鋒模範作用和基層幹部的示範帶頭作用。要通過黨員聯繫戶、黨員責任區等形式，幫助和帶動農村民眾完成各項工作任務。要求農民民眾做到的，黨員、幹部自己要首先做好。要發動黨員和幹部做好民眾的思想政治工作，經常分析民眾的思想狀況，掌握民眾的思想動向，化解矛盾，把廣大農村黨員和民眾的積極性引導好、保護好、發揮好。要組織黨員和民眾學習農村科技知識，套用科技發展經濟。要善於用說服教育、示範引導、提供服務的方法處理同農民民眾的關係。根據其他基層組織的自身特點和優勢，充分發揮他們在兩個文明建設中的作用。各項工作要統籌安排，有布置、有檢查、有總結，抓好落實。