二是退耕還林配套保障措施沒有得到徹底落實。多數省（區、市）缺乏退耕還林配套保障措施的規劃和計畫；工程區大部分地方經濟基礎薄弱，財政困難，配套保障措施由地方各級政府負責，在資金上有很大困難；目前國家各部門對農村的各項資金投入項目分散，各有要求，也沒有重點用到退耕還林地區各項保障措施上。
三是乾旱、半乾旱地區造林喬木過多，初植成活率低。我國乾旱、半乾旱地區歷史上多是草原牧區，乾旱缺水、風大以及耕作不當等因素導致當地耕地沙化，理應退耕還草，發展草畜業。但由於退耕還林有8年的補助政策，而還草只補助2年，這些地區退耕還林中灌木林（含灌草間種）和喬木林（含喬草間種）占的比例高，十分不利於農民收入的增加。
四是封山綠化沒有被列為工程建設內容。封山綠化是中央退耕還林“十六”字方針的重要內容，又是植被恢復見效快、效果好、省錢的好辦法，特別是在立地條件差的乾旱、半乾旱地區和岩溶地區，人工造林成活率低，成本高，生長慢，抗自然災害和病蟲害能力弱，應提倡封山育林。但目前退耕還林工程建設只安排了人工造林，沒有安排封山綠化。
五是造林種草品種單一，良種率低，對水資源考慮不夠，若遇上連續乾旱、病蟲害及林產品市場等問題，將有一定的風險。
六是退耕還林糧食兌現機制與糧食流通市場化不盡適合，退耕還林工程在一定程度上影響了全國糧食產量。
七是組織協調不夠，退耕地缺乏管理、工程建設責任落實不夠。退耕還林工程存在配套保障措施與退耕還林工程脫節，規劃與政策不夠銜接，部門協調不夠，退耕地缺乏管理，工程建設責任不夠落實，及前期工作和檢查驗收工作經費不足等問題。
以上問題和建議均由我們實踐總結所得,也許不是很權威很細膩,如果有所欠缺的地方,我們會繼續我們的實踐,進行實地調查和修正.