1998年—XX年，中國青基會進入調整轉型階段。在此期間，中國青基會進行了希望工程的戰略轉移，結束了動員社會力量救助貧困地區失學兒童的歷史使命，形成了以“希望工程遠程教育計畫”為核心，以希望之星評選和追蹤培養、希望國小教師培訓和繼續援建希望國小相互跟進的工作框架，為希望工程的深化發展作好了準備。另外，中國青基會舉起環境保護的旗幟，推出了“保護母親河”的“綠色希望工程”。在這一階段，中國青基會努力突破單一項目局限，建設項目多元化的新格局，完善機構內部管理機制，進行資金管理改革，營造非營利部門的外部環境，為機構持續發展奠定了基矗
XX年至今，中國青基會進入了制度化建設階段。在這一階段，機構注重加強籌資管理，逐步解決了因工作經費無法列支而造成的資金負債問題，資金管理、人事管理、項目管理等制度進一步實現規範化。
二、希望工程的成績
(一)定位
新中國成立以來，我國在社會經濟發展和人民生活水平提高方面取得了很大成就，特別是自1978年改革開放以來，我國在各個領域所取得成就是令人矚目的。但是伴隨著社會經濟的進步，種種跡象表明，我國面臨著一些威脅和挑戰：我國是世界上人口最多的國家。1990年中國大陸人口約為12.5億。與龐大的人口數量相對照，我國人口的素質是較差的，1990年中國15歲及以上文盲和半文盲人口占總人口的比重為15.88%，還有近1億農村人口處於貧困狀態。此外，最為要緊的是貧困地區的兒童入學率低下，這就意味著新一代文盲繼續形成，也意味著新一代貧困人口正在形成。
中國青基會敏感地發現貧困地區失學少年兒童這一帶有普遍性的社會問題，而這一問題又是政府難以在短時間內投入大量財力和人力完全解決的問題。中國青基會勇敢地擔負起這一社會責任，推出了希望工程，並將項目定位為解決中國貧困地區少年兒童的基礎教育。可以說，希望工程理念和內涵的提出本身就是開天闢地的。
(二)創新
1.創造“一對一”定向捐助模式
從1989年到1991年，中國青基會運作希望工程，採取的是用捐款建立基金、基金利息用於資助的辦法，雖然希望工程的宗旨被社會認同，但獲得的捐款不多，救助力度不大。1990年救助失學兒童40,000名，1991年救助失學兒童39,600萬名。1992年，中國青基會明確規定捐助標準，並通過基金會和各級團委組織的牽線搭橋，把捐贈者(個人或集體)與失學少年結對掛鈎，互通地址，建立直接聯繫，形成“一對一”的定向資助對應關係。這項開創性的制度設計使捐助雙方能夠對話、見面，進行感情交流，受助者不僅得到了物質上的幫助，而且感受到捐贈者溫暖的關愛，捐贈者也能夠看到受助者的成長過程。同時使捐款是否
及時足額安排資助、受助者是否符合條件等工作均公開透明，便於監督，提高了基金會廉潔運作，贏得了捐贈人的信任，受到了社會的極大歡迎，從而擴大了資助規模。僅以1992年當年為例，救助失學兒童231，359名，約為1990年的6倍。