《希望之星資助管理規則》XX.09對希望工程受助學生選拔方式、管理方式做出調整，增加受助學生產生程式的公示制，受助學生年度覆信反饋助學金劃撥掛鈎等。
《希望國小教師培訓班管理辦法》～.11規定了培訓班的經費來源、組織管理、學員管理、工作人員的管理、義務講學團的組成和職責、培訓材料的彙編、項目效益評估以及財務管理等。
《希望圖書室建設管理規則》～.03規定了希望圖書室項目的宗旨和組織結構、書目的選定和標準、希望圖書室的裝配、希望圖書室的管理以及對捐贈人的服務等。
《希望工程助學進城計畫-農民工子女助學金管理規則》～.08規定了資助標準、工作流程、受助生的資助資格和條件、項目申報原則、項目的監督和評估以及各級希望工程實施機構的管理責任等。
《希望工程基金管理機構會計核算制度》《希望工程資金管理機構會計核算制度》1997.03詳細規定了會計科目的設定和使用要求、會計報表的格式等。
為了滿足客戶個性化捐贈項目的特殊需求，有針對性地制定了一系列專門的管理制度，包括《肯德基曙光基金管理規則》、《金龍魚農民工子女助學基金管理規則》等。這些管理制度對專項基金的宗旨和目標、基金來源、管理機構、款項管理、資助範圍、申請基金資助的條件、基金申請和發放程式等都作了詳細的規定。
2.運用計算機信息管理系統，使得項目管理信息化
運用計算機技術研製開發了由捐助管理、結對管理、希望國小管理和財務管理等子系統組成的“希望工程信息系統”。1993年7月，這套系統在中國青基會投入使用。並於1994年3月，開始在全國希望工程實施系統內裝備這套系統，實現中國青基會和省級基金會聯網，最終建立覆蓋全國青基會系統的希望工程計算機網路管理體系。同時，青基會系統增設了新的部門和人員編制，對外招聘技術人才，對原來的管理人員進行了系統培訓來適應這場技術革命。現代化管理手段的運用，大幅度提高了工作和管理效率。此外，將希望工程實施以來的所有捐款和救助數據，全部錄入系統，建立健全希望工程檔案，確保了資料的完整和準確。
3.機構職能高度分化和強大的組織依託，使得項目管理科層化
希望工程剛開始運作時，項目單一。相應地，中國青基會的組織結構簡單，職能分化程度低，只有三個獨立的職能部門——辦公室、基金部和宣傳部。辦公室承擔人事、文秘、協調職能，基金部承擔募捐、財務管理、基金管理、資助，宣傳部負責宣傳。
隨著希
望工程項目的逐漸擴大，組織結構不斷擴展，職能不斷分化。目前已形成了由理事會、秘書處和工作部門組成的相當完善的科層制結構，包括了資金運作、項目管理、綜合協調、監督制衡四個系統。理事會由中國青基會的創辦單位和社會各界知名人士組成，是中國青基會的最高決策機構。秘書處是理事會的執行機構，內設辦公室、研究培訓部、宣傳部、海外部、財務部、籌資部、基金部、希望工程管理辦公室、監察辦、法律部、宣傳與信息中心、三辰影庫辦公室、教師培訓辦公室等工作部門。