此外，充分發揮體制內的資源優勢，通過建立地方希望工程希望基金、簽署項目協定，推動省一級普遍建立了青少年發展基金會、各地縣建立了希望工程辦公室，實現了資源共享，優勢互補和協調運作，形成了希望工程實施管理的組織依託。目前，中國青基會已經發展到一個高度複雜的組織結構——全國青基會系統。
這樣的機構設定，有效地保證了組織的高效運轉，對希望工程的管理提供了組織保障。
4.註冊希望工程商標，使得項目管理法律化
為了維護希望工程良好的社會聲譽，中國青基會積極尋求法律保護。1995年6月2日，國家工商行政管理局商標局正式受理中國青基會關於“希望工程”16件服務商標則註冊申請。經過多次協商，於1996年11月6日，國家工商局發布《關於對在經營活動領域使用“希望工程”名義加強管理通知》，使青基會對希望工程的所有權得到了行政保護。1997年4月28日，國家工商行政管理局正式向中國青基會頒發了希望工程服務商標註冊證，這標誌著中國青基會對希望工程的所有權得到了法律保護。將一項公益性社會活動的名稱註冊為服務商標，納入智慧財產權保～律體系，這在我國尚屬首創。這項舉措使希望工程管理的加強、希望工程聲譽的維護有了法律上的依據和保障。
5.建立了完善的社會問責交代機制，保證項目管理的透明度
希望工程作為公益項目，始終恪守“信譽為本”的理念，明確公眾的信任、社會的信譽是希望工程賴以生存、發展的生命。希望工程從開始實施至今，中國青基會一直在保證項目管理信息的透明度方面做出不懈的努力，建立起完善的社會問責交代機制。
1).以捐贈方為主的問責
首先，在任何一個項目、活動的設計，都將“公開、透明”作為首要的設計原則。覆信制度和“一對一”模式等都保證了捐贈者能夠真實、準確地掌握資助是否足額安排、受助者是否符合條件等方面的信息。
其次，捐贈者在希望國小建校過程中，可隨時監督工程的進展情況，並可提出質詢或進行實地考察，亦可參加學校奠基儀式或竣工典禮。
2).機構的自律“自我交代”
中國青基會始終把廉潔自律放在突出位置，恪守信譽本位，在資金籌集、管理、使用和資助規範方面建立一套嚴格的規章制度。頒布並認真執行“五透明～準”的規定，即財務管理透明，不設任何形式的小金庫；收益分配透明，不準以職務和工作之便獲取工資以外的收入；物資管理透明，不準以捐贈物資或政策性特許物品為個人謀利；資產運作透明，不謀求任何與機構相關的個人投資收益；資助管理透明，不準利用分配資助款的權力收受任何禮品。
3).委託第三方獨立進行審計和鑑定
首先，成立了由社會各界享有較高聲望的人士和捐方代表組成的希望工程監察委員會，專門負責監察工作，獨立地對希望工程的基金、資助管理進行檢查、監督、批評和建議。監察委員會深入紮實地開展了百萬受助生資助工作大檢查，卓有成效地實施了對希望國小援建項目的監察。在受助生資助工作的檢查中，從受助生管理、助學金髮放、基礎檔案、覆信工作等方面，分別在地(市)縣普查自糾、省(自治區、直轄市)督察驗收、全國巡查考核三個層面上鋪開。檢查中採取普查摸底、審計調查、抽樣核查、明察暗訪等多種形式，通過逐級查閱資料檔案、助學金領發帳冊和組織填寫受助生問卷調查表等途徑，採用把自查自糾與複查督察相結合、查詢管理者與直接查訪受助生及其家庭相結合、實施系統內的檢查與邀請社會有關方面參與督查相結合、把總結經驗和查明問題與落實整改相結合的方法，保證了受助生資助管理的規範化。在對希望國小監察中，圍繞地方匹配資金的落實、建校協定和規劃的執行、資金管理和使用、施工組織和進度、質量檢測和驗收、決算及審計等內容，派出以監察委員、巡視員為主體的監察組赴援建的希望國小當地開展巡查工作，召開不同層次和類型的座談會向各級實施機構提出意見和建議，及時查處違規違紀問題，有效地保證了希望國小的建校質量和捐款的落實。