審計是公司治理結構的重要組成部分。公司治理分內部治理與是外部治理，無論是內部治理還是外部治理，一個重要的和關鍵的環節是所有者能夠正確評價經營者旅行受託經濟責任的情況。而審計活動的存在正好填補了這一環節。對審計要求已不僅僅是資本所有者的單方要求，而是資本所有者與經營者的共同意願，審計的作用在平衡不對稱信息、促使股東利益與經理人員利益最大化和使代理契約有效執行的過程中得到充分體現。因而，審計在公司治理結構中有著不可替代的作用，已成為成為監督控制的重要手段。
由於審計是公司治理結構的重要組成部分，因而審計首先受公司治理結構的影響。在不同的治理結構模式下，審計的職能和組織形式、各種審計之間的關係也會有所差異，即不同的公司治理結構模式產生了不同的審計模式。英美企業具有所有權的多元化和易變性的特點，市場對董事會的制約性很強，所以產生了由非執行董事組成的審計委員會，幫助董事會在企業的會計政策、內部控制、財務報告方面履行職責。審計委員會是一種獨立的組織形式，並非管理當局的下級機構它不侵犯管理者的權力，不參與公司管理決策，對公司的業務並不承擔責任。委員會的作用在於保證公司公布的財務信息和業務信息的充分可靠，評價管理當局的業績。德日公司股權相對集中，股票流動性差，難以通過市場對董事會進行有效控制，因此形成了內部治理方式，並在此影響下建立了監事審計制度。監事會沒有經營管理的職能，使內審不能直接服務於經營管理，限制其職能的全面履行。
我國股權相對集中，市場機制不完善，且公司法規定了監事會機構的存在及地位，因此設定監事會是較好的選擇。但對於許多國有企業集團，由於存在所有者缺位現象，設定審計委員會會起到更好的控制作用，只是不同的是審計委員會主要由執行董事與內審機構負責人組成。除了審計模式外，審計功能的發揮還需要有完整的內部審計準則和內部審計制度，一定規模的子公司還應設定自己的審計部門，審計人員在業務上應由集團統一領導。管理者要有效管理龐大的集團，就必須依賴各個部門和分公司的內部控制機制，
中航技深圳公司探索出了一種有效的審計模式：其主要方法是：（1）以資產為紐帶，以強化集團資產控制為主線，建立兩極審計責任的審計網路，堅持下審一級。集團審計部門負責對下屬全部控股和參股企業的內審，下屬集團公司設定專門審計機構和審計人員，開展對三四級公司的日常內審工作。（2）實行審計委員會制度。下屬集團公司（飛亞達和南光）設立審計委員會，在總經理的領導下由相關人員和職能部門組成，審計部門作為常設機構代表審計委員會行使審計監督職能。（3）加強審計規章制度建設，1994年以來，該公司制定了內審規定等9項審計制度，並實行了總審計師制度。中航技深圳公司的審計在財務控制方面發揮了重要的作用，但它的重點是從管理者角度下屬成員企業的控制。
企業集團在進行監督控制的同時，要考慮一些限制因素。首先，實施監督要兼顧“成本—效益”的原則。監督的實施不能超過其預期的成本，由於監督的效益來源於資本或資產可能遭受的損失，使得推斷監督效益是困難的，這時確定監督的成本合理點就主要依靠有關人員的主觀判斷。其次，監督會影響經營管理的效率。一方面，監督工作涉及直接的管理活動，使得業務複雜化，另一方面，監督會造成監督者與管理者之間的摩擦，管理上效率下降。最後，監督者也有委託代理問題。監督者的委託代理問題和監督者的委派方式是直接相關的，監督者往往不能有效地監督自己的派出機構，甚或是同級機構。