在對存貨損失的處理上，會計制度規定：由於預見存貨可能遭受損失或不合市價，出於會計上的“謹慎性”，企業在期末要計提“存貨跌價準備”，但稅法上不予認可；對於正常的存貨損失，會計處理等同於稅法，在本年利潤中直接扣除；對於存貨的非正常損失，會計上分兩種情況在本年利潤中直接扣除，即自然災害損失，在扣除保險公司等賠償後記入“營業外支出”，而因管理不善造成貨物被盜竊、發生霉爛變質等損失，扣除有關責任人員賠償後記入“管理費用”。
《企業財產損失所得稅前扣除管理辦法》（國家稅務總局令2005年第13號，以下簡稱“第13號令”）規定：財產損失按申報扣除程式分為自行申報扣除和經審批扣除兩種，存貨在因銷售、變賣、正常損耗發生的正常損失，在證據確鑿的情況下，一律不再需要審批，企業在有關財產損失實際發生當期申報扣除即可；而需經稅務機關審批才能在企業所得稅前扣除的非正常存貨損失，僅指“因自然災害、戰爭等政治事件等不可抗力或者人為管理責任”導致的存貨損失。
增值稅方面，根據《中華人民共和國增值稅暫行條例》第十條，以及《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細則》第二十二條之規定，企業發生非正常損失的購進貨物，其進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。如果企業在貨物發生非正常損失之前，已將該購進貨物的增值稅進項稅額實際申報抵扣，則應當在該批貨物發生非正常損失的當期，將該批貨物的進項稅額予以轉出。
所得稅方面，對於因“管理不善”記入“管理費用”和因“自然災害”記入“營業外支出”的存貨非正常損失，如果具備第13號令中規定認定的證據，經稅務機關審查批准後，準予在當期稅前扣除，具體說明如下：
對盤虧的存貨，扣除責任人賠償後的餘額部分，依據下列證據認定損失：存貨盤點表，中介機構的經濟鑑證證明，存貨保管人對於盤虧的情況說明，盤虧存貨的價值確定依據（包括相關入庫手續、相同相近存貨採購發票價格或其他確定依據），企業內部有關責任認定、責任人賠償說明和內部核批檔案；
對報廢、毀損的存貨，其賬面價值扣除殘值及保險賠償或責任賠償後的餘額部分，依據下列證據認定損失：單項或批量金額較小的存貨由企業內部有關技術部門出具技術鑑定證明，單項或批量金額較大的存貨，應取得國家有關技術部門或具有技術鑑定資格的中介機構出具的技術鑑定證明，涉及保險索賠的，應當有保險公司理賠情況說明，企業內部關於存貨報廢、毀損情況說明及審批檔案，殘值情況說明，企業內部有關責任認定、責任賠償說明和內部核批檔案；
對被盜的存貨，其賬面價值扣除保險理賠以及責任賠償後的餘額部分，依據下列證據認定損失：向公安機關的報案記錄，公安機關立案、破案和結案的證明材料，涉及責任人的責任認定及賠償情況說明，涉及保險索賠的，應當有保險公司理賠情況說明。
下面，筆者舉例說明存貨損失的財稅處理。
某內資企業系一般納稅人，2006年不包括以下經濟業務的情況下的會計利潤為200萬元，應交增值稅金已足額上交，其它會計資料反映情況如下：
已計提存貨跌價準備15萬元；因倉庫保管員王某放鬆責任心，導致倉庫原材料被盜，經盤查，材料賬面價值為50000元（其中含分攤的運費4650元）；意外火災造成庫存產品全部燒毀，該產成品的非正常損失金額40萬元。已知全年總計耗用存貨金額500萬元，全年生產成本金額800萬元；12月份盤虧一批8月份購入的材料（已抵扣進項稅額），盤虧金額為9萬元，查明屬於定額內自然損耗；以上材料進項稅稅率為17%，不考慮其他稅費和納稅調整。