有效的管理手段，確保農業綜合開發項目高效、安全運行。一是加強項目前期工作，切實提高選項的科學性。總體上看，農業綜合開發項目實施效果較好，但也有一些項目效益較低，甚至由於市場波動等因素，導致項目難以實施。項目前期評估論證不充分、選項不準是一個重要原因。要切實加強項目評估論證工作，建立嚴格的項目評審責任制，提高項目評估論證的水平和質量。二是加強農業綜合開發資金管理，提高資金使用效益。實行項目和資金管理有機結合，以資金投入確定項目規模，按項目管理資金。全面推行財政無償資金縣級報帳制，實行專人管理、專帳核算、專款專用的”三專”管理。實行項目法人制管理的項目，要改革項目資金撥付方式。要加強財政有償投入資金的使用管理，強化債務管理，按照”誰受益、誰還款”的原則落實還款責任，確保及時足額償還，形成放得出、用得好、收得回的良性循環機制，防止形成債務風險。三是加強財務檢查和審計監督，嚴禁擠占挪用農業綜合開發資金。農業綜合開發項目驗收前，必須由有資質的部門進行項目審計。凡發現違反農業綜合開發政策規定，將農業綜合開發資金挪作他用等現象的，除按照有關規定進行嚴肅處理外，酌情扣減當地今後年度的農業綜合開發資金。要把對龍頭企業的積極扶持與嚴格監管結合起來，加強項目立項評審工作和項目執行過程中的監管工作，防止企業多頭申報項目，嚴防資不抵債、經營業績不良和不能有效帶動農民增收的企業，套取國家財政資金，確保農業綜合開發資金的安全運行和有效使用。四是完善農業綜合開發激勵機制。按照公正、公平、公開和獎優罰劣的原則，進一步完善財政資金分配的綜合因素法。對因項目和資金管理中存在違紀違規問題，造成工作損失或惡劣影響的項目縣，要視情節暫停或取消其項目縣資格；加強目標考核，實行項目縣”末位警告、暫停”的辦法，對項目縣實行動態管理。加強對各地農業綜合開發工作績效考核，將財政資金的投入與工作績效考核掛鈎，向先進地區傾斜。
(三)多渠道增加農業綜合開發的投入。要按照”國家引導、配套投入、民辦公助、滾動開發”的原則，引導整合各方力量，積極探索多種渠道的投入機制和形式多樣的開發方式，加大農業綜合開發投入力度。要通過貼息、補助和直接投資、參股經營等手段，充分發揮農業綜合開發財政資金”四兩撥千斤”的效果，逐步形成多渠道、多途徑的農業綜合開發投入格局。一是加大農業綜合開發財政資金配套投入力度。根據全省區域經濟發展水平的不同，繼續實行差別配套政策。蘇北地區以省級配套為主，市、縣(市)配套為輔；蘇中地區的財政轉移支付縣及黃茅老區參照蘇北地區的配套政策；蘇南地區以市、縣(市)配套為主，省級配套為輔。市縣財政必須確保配套資金足額到位，各市根據財力情況確定市縣配套比例，但不得轉由鄉鎮財政負擔。要逐步推行”財政資金倒配製”，根據市縣財政資金的配套能力確定省以上財政資金投資規模。二是引導、鼓勵、支持農村集體經濟組織和農民增加投入，完善農業綜合開發農民籌資投勞政策。農民民眾是農業綜合開發的直接受益者，要調動農民民眾在農業綜合開發中投工投勞的積極性。土地治理項目的農村集體、農民民眾自籌資金和投工投勞，要嚴格按照”農民自願、量力而行、民主決策、數量控制”和”誰受益、誰負擔”的原則進行籌集，並納入村內”一事一議”範疇，實行專項管理，不準搞強迫命令。農民自籌中應以投勞折資為主，以物折資或籌資應符合國家和省的有關政策規定。二是積極發揮財政資金的引導作用，吸引”三資”參與農業綜合開發。積極引導、鼓勵各類社會資金投入農業綜合開發，拓寬農業綜合開發的投資渠道，做大農業綜合開發的投資規模，放大財政資金的乘數效應。要通過規劃指導、政策引導、環境營造，為招商引資營造良好的軟環境，調動各類主體投資農業開發的積極性。四是繼續實施省級專項農業綜合開發項目。針對部分特殊的資源狀況，繼續實施高沙土、丘陵山區、採煤塌陷地和灘涂開發。財政投入的重點，要進一步向公共服務傾斜，把更多的資源用在發展社會事業、建設公共設施上。依據公益性和經營性職能必須分開的原則，從今年開始，省政府決定調整省級灘涂開發投資機制，參照農業綜合開發項目管理辦法，由省農業資源開發局按項目管理省級灘涂開發專項資金，省財政廳行使資金的監督管理職能。