調解程式與審判程式是兩種性質不同的程式。從要求上看，調解程式比較簡單，可以由審判員一人主持，也可以由合議庭主持，並儘可能就地進行，可以用簡便方式通知當事人、證人到庭。在事實基本清楚的基礎上，只要當事人自願、調解協定合法，法律上並無特別的程式要求。從適用範圍上看，我國刑事自訴案件的調解範圍寬泛，且規定調解不得抗訴，這無疑為法官規避嚴格、具體的審判程式提供了極大的方便。調解本身所具有的這些特點能給法官在處理自訴案件時帶來迴避作出困難的判斷、風險較小等益處。出於對自身利益關係的考慮，一些法官傾向於選擇快速、省力、風險小的調解，而迴避費時、費力、風險大的判決。法官的這種調解偏好使得調解在實踐中仍站主導地位，一些本應該適用審判程式結案的案件被代之以調解程式結案，使得嚴格遵循程式規則進行操作的狀態發生了變異，最終損害實體正義。
（二）以“和稀泥”代替“查明事實真相”，對法治建設形成長遠的、深層的危害。
由於刑事自訴案件調解制度自身的局限性，決定了它不具備查明事實的功能。從此次調研的情況看，有大量的自訴案件，是在法院未查明事實真相的情況下（當然有的案件也無法查明事實真相），強行調解結案的。其基本做法就是和稀泥，搞折衷，不做審查、判斷證據的工作，而是向雙方當事人“做工作”，“講道理”。因而調解結果不是“解決”糾紛，而實際上是“化解”糾紛，只要糾紛不存在，調解就達到了目的，不管當事人之間的權利義務是否明白了。這樣做，表面看起來似乎是大量糾紛經由調解這種雙方自願、自主的方式解決了，實際上既對當事人實體權利的保護和對犯罪行為的制裁不力，又對當事人的訴訟權利的行使無益；更嚴重的是，最終損害了當事人對法院的信任，從而對法治建設形成長遠的、深層的危害。
（三）強制與自願的矛盾，使自願原則難以實現。
“自願”反映了刑事自訴案件調解的本質屬性，通過調解解決爭議與用判決方式解決爭議的實質性區別在於：前者是當事人自願達成的協定，後者是法院的強制性解決。調解是以自願為根基的；判決是以強制為特徵的，它們原本是性質完全不同的解決糾紛的方式，我國刑訴法卻把兩者相結合，使得自願原則難以得到落實。因為在這一訴訟模式中，法官具有雙重身份：一方面他是調解者。作為調解者，他只能幫助雙方當事人澄清爭議事實，進行說服教育，以軟化彼此的對立情緒，消解雙方的分歧，引導雙方就解決爭議的方案進行協商或向雙方提示解決爭議的方案；促使、幫助當事人達成調解協定；另一方面，他又是訴訟的指揮者和案件的裁判者。他在與當事人形成的刑事訴訟法律關係中居於主導地位。由於法官的這種雙重身份，在當事人心中會形成很大壓力：如果否定調解方案，會不會在審判員心中留下不好的印象？會不會有否定審判員權威之嫌？會不會因此而在審判過程中吃虧？這樣當事人在對待調解方案的問題上，就會有諸如此類的非自願的顧慮，並有可能影響其他自主決定。更為嚴重的是，由於審判員主持調解的過程中，已形成“先入之見”，如果有一方當事人不接受調解結果，他可能主觀地認為事實已經清楚，沒有繼續審理的必要，從而逕行判決，以調解代替審判，或者可能會在審判過程中走過場，不認真審查、判斷證據，在實際上以先前的調解方案當作判決內容。來自法官的這種潛在的和實際的壓力，對當事人充分自主地參與調解過程是相當有害的，自願原則因而不可能得到實現。
（四）原來的法院調解制度與當前的審判方式改革互相衝突，嚴重阻礙了改革的進行
刑事審判方式改革的一項核心內容是強調“當事人主義”，逐步廢除法官的“庭外調查權”。這樣一來，法官和當事人在程式上的分工就發生了逆轉，當事人成為推動程式展開的主體，其展開程式的基本動機是說服法官作出有利於自己的結論。也就是說，舉證責任在邏輯上要求判決成為規定程式開展的目標。而自訴案件的調解制度，法官的目的是通過取得當事人的和解、合意來結束訴訟。為此，法官在說服教育當事人的同時，還有必要調查收集證據，以及提供正確的調解方案，在不得已的情況下，才可以做出判決。很顯然，這樣的情況使法官自然成為推動程式發展的主體，這與“縮小和弱化法官的職權，擴大和增強當事人許可權”審判方式改革的目標是背道而馳的。刑事審判方式的改革還要求法院貫徹公開審判制、實行法官獨立審判和責任制、強化對審判活動的民主監督等等。而自訴案件調解的程式結構，主要內容是法官積極的職權調查和說服教育當事者的活動，這些活動完全可以在法庭之外或者在只有一方當事者在場的情況下進行。這使得訴訟調解缺乏有效監督，同時也違背了公開審判的原則。法官的獨立審判和責任制是指法官享有獨立審理和裁判案件的權力，同時對自己的不正確或錯誤裁判承擔完全責任的制度。而依我國的刑事訴訟法調解不存在抗訴問題，調解書發生法律效力後，既不屬於本院院長和上級法院依審判監督程式主動進行再審的範圍，又不屬於檢察機關抗訴的範圍，當事人申請再審的情況又極少發生。因此，調解對於法官來說是一種風險小的處理案件方式。而且調解無論是在程式法的適用，還是在實體法的適用上都具有相當大的靈活性，在這種情況下，調解協定明顯違法的現象並不多見，而違反自願原則，迫使合法、有理的一方當事人作出讓步的所謂隱性違法時有發生，但因為隱性違法具有隱蔽性的特點，再加之缺乏有效的監督，追究法官的責任實際上往往無法落實。上述種種無疑都嚴重製約著刑事審判方式的改革。