在農村新社區建設初期，要正確處理好新社區與行政村的關係，特別是處理好村黨支部、村委會與農村新社區理事會的關係。農村新社區理事會必須在村黨組織和村委會的領導和指導下開展工作；對於農村新社區自身的事務，村黨組織和村委會要充分尊重農村新社區理事會的自主權，不得隨意干預；村黨組織和村委會將更多的精力放在協調鄉鎮與農村新社區、以及農村新社區之間的關係上來。等到新社區自治成熟的時候，可以根據當地情況考慮撤銷行政村層級。
（二）以鄉鎮官民合作為主旨，在重構鄉鎮權力結構中創新。
目前我國絕大部分農村地區的鄉村社會發育尚不健全，還不能實現鄉村社會的自我治理，只能依據當地的經濟和社會發展水準，因地制宜地選擇“鎮政”、“鎮政鄉派”或“鄉派”等不同形式進行構建；如果當地的鄉村社會有了充分發展，可以實現鄉村社會的自我治理，並且有一定的自治能力和社會經濟基礎，它就可以推行“鄉鎮自治”或“鄉民自治”。
“鎮政”比較適宜於工商業經濟較為發達、本地財政狀況良好的地區；這些地區基本上實現了城鎮化。可以採取“委託擴權”的改革方式，進一步擴大鎮政府的自主權，將鎮政府建設為一級較為完備的基層政權組織。
“鄉派”適合於傳統農業地區，在這些地區，農村稅費改革之前，鄉級財政的主要來源是農業稅；農村稅費改革之後，其財政來源主要是來自上級政府的轉移支付。這種財政基礎不能支撐一個比較健全的鄉級政府，決定它只能向“鄉派”的方向改革。誠如徐勇所言，“財是政的基礎，財政來源與能力決定著政權的特性與能力”。實行“鄉派”的地方，要不斷強化縣級政府的公共管理和公共服務的職能，建構“以縣為主、鄉鎮協助”的農村公共服務體系。
“鎮政鄉派”適宜於一些鄉鎮社會經濟發展不均衡的欠發達地區。在這些地區，少數鄉鎮的社會經濟基礎較好，具有一定的財政能力，除了能夠保障鄉鎮政府日常運轉的需要以外，還可以發展公益事業，而且城鎮化達到了一定的水平，可以將這些鄉鎮按照“鎮政”的模式進行改革；其它一些鄉鎮的社會經濟基礎較差，沒有一定的財力基礎，最好按照“鄉派”的思路進行改革。這樣在同一個地區就可以根據鄉鎮的不同情況因地制宜地實行“鎮政鄉派”。今後，凡是可以建立為一級比較完備的政權組織的鄉鎮，統一改稱為“鎮政府”；凡是不能建立為一級比較完備的政權組織的鄉鎮，統一改稱為“鄉政府”（或“鄉公所”、“鄉辦事處”）。這樣一來，“鄉”和“鎮”就有比較明晰的區分，以改變當前“鄉”“鎮”不分的混亂狀況。
其實，無論是“鎮政”還是“鄉派”（乃至“鄉政自治”）都只是鄉鎮制度構建的一種形式而已，鄉鎮制度構建的關鍵在於鄉鎮權力結構的重構，建構一種全新的“官”、“民”二元的治理結構，在體制內通過權力重構達致國家與鄉村社會之間的合作。
具體地說，就是在鄉鎮一級實行人大常任制改革。常任鄉鎮人民代表可以參考“三三制”原則由三個部分構成：一部分是黨組織推薦的代表，一部分是農民民眾直接選舉產生的村落社區代表；一部分是通過競爭性選舉產生的民意代表，由這些常任代表組成鄉鎮人民代表會議，由它討論和決定鄉鎮社區的重大事務，並對鄉鎮政府（或鄉公所、辦事處）的日常行政事務進行民主監督。該會議主席必須由鄉鎮人民直接選舉產生，不得兼任鄉鎮辦事處或同級黨委的職務。為了提高該會議組織的運行效率、加強對鄉鎮行政事務的日常性監督，常任人民代表人數不必太多，以便於開展經常性活動。在條件比較成熟的地方，還可逐步實行“開放式會議制度”（opentownmeeting），不斷擴大普通民眾參與公共事務的運行機制。