在醫藥企業組織結構調整方面，積極培育具有國際競爭力的大公司、大集團。引導企業投資方向，及時淘汰落後產品及生產工藝，嚴格控制新開辦企業數量；仿製產品的生產審批將考慮市場供需情況和技術水平狀況；制假售假、污染嚴重、扭虧無望、達不到gmp要求的企業，依法關閉、破產；鼓勵中小企業在專業化分工的基礎上與大型企業進行多種形式的協作與聯合，實現優勢互補。
2、產業結構調整指導
XX年4月國家發改委、人民銀行、銀監會聯合下發了《關於進一步加強產業政策和信貸政策協調配合控制信貸風險有關問題的通知》，制定了《當前部分行業制止低水平重複建設目錄》，要求對其中的禁止類項目一律停止建設，對已建成的項目要堅決限期淘汰、依法關閉；對限制類項目中的擬建項目停止建設，在建項目暫停建設並進行清理整頓。其中涉及醫藥行業的目錄如下：
禁止類限制類
手工膠囊填充維生素c原料項目
軟木塞燙臘包裝藥品工藝青黴素原料藥項目
塔式重蒸餾水器勞動保護、三廢治理不能達到國家標準的原料藥項目
無淨化設施的熱風乾燥箱一次性注射器、輸血器、輸
液器項目
安瓿拉絲灌封機藥用丁基橡膠塞項目
鉛錫軟膏管無新藥、新技術套用的各種劑型擴大加工能力的項目(填充液體的硬膠囊除外)
粉針劑包裝用安瓿原料為瀕危、緊缺動植物藥材，且尚未規模化種植或養殖的產品生產能力擴大項目
藥用天然膠塞
直頸安瓿項目
3、外商投資指導政策
XX年，xx修訂頒布了新的《外商投資產業目錄》，其中對外商投資醫藥製造業的指導政策如下：
類別目錄
限制類氯黴素、青黴素g、潔黴素、慶大黴素、雙氫鏈黴素、丁胺卡那黴素、鹽酸四環素、土黴素、麥迪黴素、柱晶白黴素、環丙氟哌酸、氟哌酸、氟嗪酸生產
安乃近、撲熱息痛、維生素b1、維生素b2、維生素c、維生素e生產
國家計畫免疫的疫苗、菌苗類及抗毒素、類毒素類（卡介苗、脊髓灰質炎、白百破、麻疹、乙腦、流腦疫苗等）生產
成癮性麻醉藥品及精神藥品原料藥生產（中方控股）
血液製品的生產
非自毀式一次性注射器、輸液器、輸血器及血袋生產
禁止類列入國家保護資源的中藥材加工（摩香、甘草、黃麻草等）
傳統中藥飲片炮製技術的套用及中成藥秘方產品
鼓勵類我國專利或行政保護的原料藥及需進口的化學原料藥生產
維生素類：煙酸生產
胺基酸類：絲氨酸、色氨酸、組氨酸等生產
採用新技術設備生產解熱鎮痛藥